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VMD中载入结构文件自动判断成键时出现成键错误

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LHQ

发布时间: 2024-5-9 20:51

正文摘要:

老师，您好我是做蛋白质和配体结构体系的分子动力学模拟的，我跑完500ns并作周期性边界条件处理后，当我载入结构文件pdb和轨迹文件xtc在VMD后发现有少数的氨基酸残基之间本不该成键（图1），却显示为（成键），我也 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-12 02:36:10

LHQ 发表于 2024-5-11 01:19
谢谢老师回答！我看过这篇文章的内容以及相关链接的内容，但是文章里好像基本上关于成键显示的问题和解 ...

说明当前满足成键的几何判据
影响什么看之后要做什么

LHQ 发表于 Post on 2024-5-11 01:19:48

sobereva 发表于 2024-5-10 23:49
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread- ...

谢谢老师回答！我看过这篇文章的内容以及相关链接的内容，但是文章里好像基本上关于成键显示的问题和解决方式，没有提及到是否会影响后续的数据处理？所以我尝试过用Dynamic Bonds和老师您发的链接里重新让VMD定义并实时显示新的连接关系，结果是我的载入结构（0帧）存在我上述的问题，所以我想进一步问问老师出现这样的现象是否会对数据产生影响？谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-5-10 23:49:39

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

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