NPT过程中钠离子聚集成簇的问题

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发布时间: 2024-5-9 20:53

体系：油A水B(SPC)、表面活性剂C、NACL NACL浓度1-5mol/l 力场：gromos54a7_atb.ff（我生成分子的itp文件时是在ATB生成的所以在top里include对应的力场文件）离子的itp文件如下：钠离子 [ moleculetype ] ; ...

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Hanna110 发表于 Post on 2025-10-15 14:57:36

zhangfaxue 发表于 2024-5-12 19:49
谢谢老师，我去尝试一下

你解决了吗？我也出现了Na盐团聚的问题

zhangfaxue 发表于 Post on 2024-5-12 19:49:11

sobereva 发表于 2024-5-10 23:50
GROMOS、OPLS-AA能描述的分子，GAFF一律都能描述。没有不用GAFF的理由。更何况后来还有GAFF2进一步做了改 ...

谢谢老师，我去尝试一下

sobereva 发表于 Post on 2024-5-10 23:50:20

zhangfaxue 发表于 2024-5-9 21:44
我不确定我的表面活性剂分子是否能够用gaff力场，文献里目前都是用gromos力场，我不敢冒然换力场

GROMOS、OPLS-AA能描述的分子，GAFF一律都能描述。没有不用GAFF的理由。更何况后来还有GAFF2进一步做了改良

牧生 发表于 Post on 2024-5-9 22:05:51

zhangfaxue 发表于 2024-5-9 21:44
我不确定我的表面活性剂分子是否能够用gaff力场，文献里目前都是用gromos力场，我不敢冒然换力场

相较于gromos，用gaff只有好处，没有坏处。

zhangfaxue 发表于 Post on 2024-5-9 21:44:32

牧生发表于 2024-5-9 21:39
全部换用gaff力场，美滋滋

我不确定我的表面活性剂分子是否能够用gaff力场，文献里目前都是用gromos力场，我不敢冒然换力场

牧生 发表于 Post on 2024-5-9 21:39:48

zhangfaxue 发表于 2024-5-9 21:21
我的表面活性剂分子使用的是gromos53a6力场，离子用KBFF的是不是不能同时使用?

全部换用gaff力场，美滋滋

zhangfaxue 发表于 Post on 2024-5-9 21:21:00

牧生发表于 2024-5-9 21:02
试试KBFF的离子参数，不会团聚的

我的表面活性剂分子使用的是gromos53a6力场，离子用KBFF的是不是不能同时使用?

牧生 发表于 Post on 2024-5-9 21:02:49

试试KBFF的离子参数，不会团聚的

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