结构优化时对于某个体系不知道是否必须添加溶剂模型

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发布时间: 2024-5-13 10:29

请问一下我计算的体系当中部分含有氯化胆碱和甜菜碱这两个分子，其余的都是一些不带电的有机分子，如图所示为这两个分子的结构。我不知道这个两个分子是否算局部呈现显著的离子性，因此不知道是否要添加溶剂模型，还 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-18 05:31:11

xishaofan 发表于 2025-4-17 21:05
sob老师，对于上面典型的带局部显著电荷体系，实际溶剂环境是水，我需要计算resp2电荷。对于这种小分子， ...

scrf=solvent=water
SMD不推荐用于优化目的，没额外好处，还容易因为数值噪音导致难收敛

我不知道有什么理由用不同的溶剂

xishaofan 发表于 Post on 2025-4-17 21:05:54

sobereva 发表于 2024-5-14 08:09
典型的带局部显著电荷体系
在相应溶剂下优化

sob老师，对于上面典型的带局部显著电荷体系，实际溶剂环境是水，我需要计算resp2电荷。对于这种小分子，结构优化选择显式溶剂scrf=(smd,solvent=water)还是隐式溶剂scrf=solvent=water？在计算单点时选择的溶剂需要跟优化时选择的显式/隐式一致吗？

sobereva 发表于 Post on 2024-5-14 22:48:20

xiewei 发表于 2024-5-14 09:12
请问老师我可以先在molclus调用xtb在不加溶剂的条件下初步优化，然后再调用gaussian在溶剂下优化吗？因为 ...

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题，注意看群规（http://sobereva.com/QQrule.html），以及论坛置顶的论坛新社员必读贴

如果是极性溶剂，用个介电常数相近的也比不用强

xiewei 发表于 Post on 2024-5-14 09:12:28

sobereva 发表于 2024-5-14 08:09
典型的带局部显著电荷体系
在相应溶剂下优化

请问老师我可以先在molclus调用xtb在不加溶剂的条件下初步优化，然后再调用gaussian在溶剂下优化吗？因为xtb的内置溶剂好像很少。

xiewei 发表于 Post on 2024-5-14 09:08:45

sobereva 发表于 2024-5-14 08:09
典型的带局部显著电荷体系
在相应溶剂下优化

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-5-14 08:09:05

典型的带局部显著电荷体系
在相应溶剂下优化

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