gromacs如何导出自由能最低的构象？

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发布时间: 2024-5-13 11:30

如题，我在做完分子动力学模拟之后，计算得到了某配体的自由能面图。以如图为例。有个问题想请教一下大家，如何利用gromacs导出紫色区域的这一批自由能最低的结构。感谢大家！

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-5-14 22:50:08

uenh1998 发表于 2024-5-14 09:14
感谢社长，我试下。我还有一个办法不知道可不可以。利用簇分析方法计算出结构相似的几个组。考察组内帧对 ...

可以

uenh1998 发表于 Post on 2024-5-14 09:14:16

sobereva 发表于 2024-5-14 08:00
origin里绘制散点图，可以设置显示label，根据label标的帧号取密度最大那块的散点对应的帧
或者根据每帧的 ...

感谢社长，我试下。我还有一个办法不知道可不可以。利用簇分析方法计算出结构相似的几个组。考察组内帧对应的RMSD RG （自由能图的横纵坐标）对照自由能图看看是否落在紫色区域。都在紫色区域则为代表性结构。

sobereva 发表于 Post on 2024-5-14 08:00:44

origin里绘制散点图，可以设置显示label，根据label标的帧号取密度最大那块的散点对应的帧
或者根据每帧的PC值，自己写程序（光靠awk都能做到）提取PC值在相应范围内的帧号

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