neocc 发表于 2025-5-13 10:02
请问gromacs24以上的版本直接在mdp里面写入colvar参数就可以直接使用吗？不需要重新编译吧

不需要重新编译

fhh2626 发表于 2024-10-24 09:52
Colvars已经收编在Gromacs2024及未来的官方发布版中了，相比Plumed可以做更多的代码级别的优化

请问gromacs24以上的版本直接在mdp里面写入colvar参数就可以直接使用吗？不需要重新编译吧

补充：
“PLUMED is not compatible with the internal multi-threading implementation of GROMACS so you need to configure gromacs as
cmake -DGMX_THREAD_MPI=OFF and add -DGMX_MPI=ON if you want to use MPI.”

如果plumed是在cpu下进行计算，那gmx+plumed连用在没有gpu下的性能会表现如何。
plumed没有使用mpi编译，就只能使用-ntmpi=1 -ntomp=n了

16aDream 发表于 2024-10-24 10:55
NV热浴竟然也不能用update-gpu, 能简要说明一下吗

我也不知道是什么原理，知识有一次突然发现用NH热浴的update在CPU

1. PP task will update and constrain coordinates on the CPU

复制代码

就想着试试能不能update gpu，一提交就报错了

1. Inconsistency in user input:
   
2. Update task on the GPU was required,
   
3. but the following condition(s) were not satisfied:
   
4. Nose-Hoover temperature coupling is not supported.

复制代码

Dempey 发表于 2024-10-24 08:45
是的，PLUMED部分在CPU计算，而且GROMACS用NV热浴也不能update gpu

NV热浴竟然也不能用update-gpu, 能简要说明一下吗

Colvars已经收编在Gromacs2024及未来的官方发布版中了，相比Plumed可以做更多的代码级别的优化

16aDream 发表于 2024-10-23 21:34
updata-gpu模式是与plumed的metad不兼容吗？

是的，PLUMED部分在CPU计算，而且GROMACS用NV热浴也不能update gpu

updata-gpu模式是与plumed的metad不兼容吗？

老师您好，请问一下老师，我计算的下面的这个md.log文件中的日志记录正常吗？
为什么会有两行dE_term呢，分别代表什么呢？体系是一个RNA体系，一共有46万个原子，用的REST2方法做的计算。在300-1000度之间插值20个replicas.

之前算了一个300-1000之间插值5个replicas，算了15ns，没有一个副本交换，是不是我的代码有问题呢？谢谢老师和大家！

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step 1000: timed with pme grid 72 72 72, coulomb cutoff 1.375: 549367.2 M-cycles
Replica exchange at step 1000 time 2.00000
Repl 0 <-> 1  dE_term = -0.000e+00 (kT)
dplumed =  7.619e+02  dE_Term =  7.619e+02 (kT)
Repl ex  0    1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15   16   17   18   19
Repl pr   .00       .00       .00       .00       .00       .00       .00       .00       .00       .00

老师您好，metaMD适用于计算什么问题呢？运行MetaMD与运行MD是相互独立的吗？