leoli 发表于 2024-5-19 13:02 气液界面也是一样的，你只要设置z方向压缩率为0就可以了 |
leoli 发表于 2024-5-17 11:16 ; Temperature coupling is on tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = MOL CL SOL ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.2 0.2 0.2 ; time constant, in ps ref_t = 298.15 298.15 298.15 ; reference temperature, one for each group, in K 你好，请问此处为什么要对不同物质分别控温？ |
Entropy.S.I 发表于 2024-5-17 12:04 谢谢您的回复！ 我拜读您的文章后，发现您在气液界面中，使用了NPzT模拟，本来盒子上方的真空区会被压缩的吧。需要模拟气液界面的话，盒子被压缩后，就没有气液界面了。可能我有什么误解，希望能得到您的解答。还是对于气液界面应该用NPyT模拟。 我用自己的盒子进行了NPzT模拟后，表面张力的大小得到了明显的改动。但是用Press-XX、Press-YY、Press-ZZ 、盒子Z尺寸和#Surf*SurfTen分别去计算表面张力的数值是不一样的。这是因为盒子的尺寸得到了改变吗？ |
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本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-5-17 12:15 编辑 表面活性剂体系，需要在建模时让模型的表/界面吸附量Γ和实验测定表/界面张力值时对应的Γ相等，才能和实验的表/界面张力进行对比。往往只有在CMC时测定的表/界面张力实验值才有对应的Γ，因此只能用CMC状态下的模型和实验进行对比。实现这一点需要比较复杂的操作，并不是直接建模就可实现（直接建模，几乎不可能把表面活性剂的密度塞到CMC的程度），需要先建非饱和模型，再做NPγT模拟来使模型达到近似饱和的状态。认真看https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.3c01432 以往表面活性剂的MD研究全是自说自话，基本不能和实验直接对比，算的东西很难说有实际意义，因为以往研究完全没考虑Γ的问题。你当前的问题也是如此。 |
sobereva 发表于 2024-5-17 03:35 谢谢您的回答。 如果mdp文件没有问题的话，表面张力过大，会是力场不兼容导致的吗？ 建模我用的是genmixmem_1.2构建的磷脂双分子层，水分子也是相切与表面活性剂头基部分，不知道建模部分会不会出现问题。上面有盒子的图片。 麻烦了！ |
leoli 发表于 2024-5-16 08:40 没事别自己改fourierspacing 水和离子耦合很强，不要单独控温 其它没明显问题 |
本帖最后由 leoli 于 2024-5-16 10:00 编辑 sobereva 发表于 2024-5-15 22:48 不好意思，关于补充原帖问题。 水的模型用的spc/e,中间也试过OPC，变化不大，纯水的表面张力用charmm的力场已经测出来和讲义里面的大小相符合为62.5795468mN/m。模拟过程中gromacs没有报错，现在不清楚是建模问题，还是力场问题，还是mdp参数问题。 这个体系是气液界面，上下是真空的，所以用的nvt。 GAFF力场可以和AMBER99SB-ILDN兼容，我去试一下，请问社长我的mdp设置有问题吗？ 多谢社长回答问题！ |
leoli 发表于 2024-5-15 16:53 有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。 charmm36力场和GAFF力场本来就不能兼容。用的水模型说清楚 先把纯水的表面张力，以及文献里相关体系的值重复出来，确保操作无误再说 |
| 表面张力大小截图没有截全 第五列是计算后表面张力的大小 第六列是#Surf*SurfTen |
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