喵星大佬 发表于 2024-5-21 12:10 好的 |
YuniJ 发表于 2024-5-21 09:46 不知道什么是配位键就去找本无机化学重新学一遍 |
YuniJ 发表于 2024-5-20 13:07 金属酶咋可能残基不直接和金属作用，那算什么金属酶 不管是MMP几或者DNA结合的Zinc-Finger结构域这些带Zn的都是和Cys/His/Asp/Glu/骨架羰基直接作用的 |
喵星大佬 发表于 2024-5-20 09:33 好嘞老师，谢谢您！我去学习一下。金属酶的话我是直接通过rcsb数据库下载的，然后根据pdb的相应文献确定了ZN和蛋白残基、配位水分子之间的关系。所以这个配位作用我不太懂您是啥意思嘞？ |
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Zn如果不和残基有配位作用怎么可能维持在口袋里不动 如果Zn离子和水分子对Zn的配位数敏感可以使用J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2733文章中CN对应的看参数 |
sobereva 发表于 2024-5-20 02:10 好的老师，非常感谢老师！ |
YuniJ 发表于 2024-5-19 21:50 bond项肯定得有，有必要时还得添加一些angle项维持配位键之间的键角 |
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谢谢老师，那请问老师我该如何优化结构呢？添加bond项吗？ |
YuniJ 发表于 2024-5-18 20:34 不能用 |
sobereva 发表于 2024-5-17 03:38 非常感谢老师。我跑完md后ZN和配位水分子的位置都有了相对大的变化，但是ZN属于“活性口袋”部分，这样的话这个模拟结果是不是不能用呢？ |
YuniJ 发表于 2024-5-16 10:22 就是把动力学跑的结构和X光衍射测的金属蛋白的晶体结构对比 可以，但这只对应配位键键长，对配位键键角、配位区域的立体结构不起到控制作用 |
sobereva 发表于 2024-5-15 22:26 老师不好意思我没太懂和晶体结构对比的话是对比什么呢？我还有一个问题是我可以通过位置限制ZN和残基之间的距离来达到一个“配位”的效果吗？ |
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本来就未必非得需要bond项才能维持合理结构 先直接跑MD看看情况，和晶体结构对比，能用就用 sobtop不是直接给AMBER用的 |
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