自行解决了，以下是我的解决办法：

1. 
   
2. import subprocess
   
3. f = open("out.txt", "w")
   
4. subprocess.run("multiwfn C:/data/final/AI/1a/1a.log", input=str.encode('12 \n 0 \n 10 \n 5\n \q'), stdout=f)
   

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popen现在已经被run替代，input参数提供multiwfn內部步骤选项，stdout参数提供输出文件路径，注意这里不能直接以string形式提供路径。