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蛋白质+ATP动力学模拟求助

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xiaoai

发布时间: 2024-5-16 14:15

正文摘要:

请问蛋白质ATP体系做动力学模拟我用gromos96 54a7力场构建拓扑文件报错ATP不在拓扑数据库中也尝试了AMBER99SB力场也是同样报错。请问应该更换力场还是要分别构建拓扑文件

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xiaoai 发表于 Post on 2024-5-16 20:54:24

sobereva 发表于 2024-5-16 20:20
典型的乱用pdb2gmx
一定要搞清楚pdb2gmx的运作机制，只有rtp文件里定义了的残基，才能出现在你的结构文件 ...

谢谢老师

xiaoai 发表于 Post on 2024-5-16 20:53:58

Seyilaxa 发表于 2024-5-16 19:44
ATP是小分子，没有办法用pdb2gmx直接生成拓扑。应该单独构建拓扑文件

好的感谢明白了

sobereva 发表于 Post on 2024-5-16 20:20:59

典型的乱用pdb2gmx
一定要搞清楚pdb2gmx的运作机制，只有rtp文件里定义了的残基，才能出现在你的结构文件里。别把pdb2gmx当成黑箱
ATP等小分子通常都通过sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）等下文提到的各种拓扑文件产生工具产生
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-5-16 19:44:56

ATP是小分子，没有办法用pdb2gmx直接生成拓扑。应该单独构建拓扑文件

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