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在模拟过程中压力和盒子的大小变化浮动很大

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1367

发布时间: 2024-5-16 15:09

正文摘要:

各位老师同学好，我在模拟甲烷在溶剂当中的溶解度，在正式的模拟之前，我先进行了能量最小化，然后先用npt模拟了1ns，热浴和压浴分别为V-rescale 和berendsen，然后又跑了2ns的nvt，使用的热浴也是V-rescale，最后进 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-18 02:58:56

1367 发表于 2024-5-17 10:23
sob老师您好，我在模拟跑到大概14ns的时候出现报错了。

发现盒子突然变的非常大，从之前的4nm变长变为 ...

用Berendsen或c-rescale压浴。后者可以完全取代PR压浴，正如同v-rescale热浴已经完全取代了Nose-Hoover热浴

1367 发表于 Post on 2024-5-17 10:23:05

sobereva 发表于 2024-5-16 20:24
正常现象
越小的体系压力波动就倾向于越大。只需要关注平均值。对凝聚相体系，由于可压缩系数极低，即便和 ...

sob老师您好，我在模拟跑到大概14ns的时候出现报错了。

Fatal error:
2 particles communicated to PME rank 17 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.

发现盒子突然变的非常大，从之前的4nm变长变为了30nm，最后直接到了100多nm，因为我这也不是模拟初期了，已经模拟了10几ns了，想问一下这种情况应该如何做？我是否可以把突变之前的某帧拿出来继续跑一下平衡，然后继续模拟？

sobereva 发表于 Post on 2024-5-16 20:24:06

正常现象
越小的体系压力波动就倾向于越大。只需要关注平均值。对凝聚相体系，由于可压缩系数极低，即便和参考压力看似相差不小也没什么实际问题

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