配体加水进行md时报错说盒子太小

查看数: 1174 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-5-16 20:24

本帖最后由 lxhpdx 于 2024-5-16 20:24 编辑蛋白双配体模拟，glu配体之前出了问题，真空模拟都会跑崩，然后我修改了glu原子电荷，再次用新电荷跑的时候发现真空能跑。但是在水溶剂中跑能量极小化和平衡相都可 ...

回复 Reply

cbz 发表于 Post on 2024-5-20 09:17:54

谢谢老师

lxhpdx 发表于 Post on 2024-5-20 08:31:38

sobereva 发表于 2024-5-18 03:00
amber14SB+GAFF已经非常理想了，强烈建议用这个
模拟蛋白有更好一点点的Amber19SB，但需要结合四点水模 ...

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-5-18 03:00:39

lxhpdx 发表于 2024-5-17 10:26
好的老师，我看了一下讲义发现了问题所在。我现在使用的是gromacs24版本
请问老师我用的charmm36mm描述 ...

amber14SB+GAFF已经非常理想了，强烈建议用这个
模拟蛋白有更好一点点的Amber19SB，但需要结合四点水模型OPC才比14SB有一点优势，而且目前也没有gromacs的19SB的力场包

lxhpdx 发表于 Post on 2024-5-17 10:26:11

sobereva 发表于 2024-5-16 21:26
缺乏力场的基本常识
sobtop产生的GAFF力场的拓扑文件哪能结合CHARMM36的forcefield.itp，完全不兼容，显然 ...

好的老师，我看了一下讲义发现了问题所在。我现在使用的是gromacs24版本
请问老师我用的charmm36mm描述的蛋白，配体小分子要使用CGenFF立场是嘛
或者用amber14SB来描述蛋白，然后用GAFF描述小分子配体。
目前在gromacs跑蛋白和配体还有没有更好的立场选择呢

sobereva 发表于 Post on 2024-5-16 21:26:09

缺乏力场的基本常识
sobtop产生的GAFF力场的拓扑文件哪能结合CHARMM36的forcefield.itp，完全不兼容，显然应该结合与GAFF兼容的AMBER力场的。另参考http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register