| In the gromacs membrane proteins tutorials, in the solvation part there is a script to remove water inside the lipid bilayer and the instruction on how to use it |
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别把solvate写成-solvate 默认在整个盒子里填充，然后自动删除该删的： 
当前问题，要么加大原子半径，要么之后用VMD保存新结构的时候用恰当的选择语句排除掉不该有的水 VMD里原子选择语句的语法和例子 http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html） |
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