成品模拟时分子跑到盒子边缘，这存在问题吗？

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qyl

发布时间: 2024-5-18 11:24

想模拟氨基酸在水溶液中的第一配位层个数，npt预平衡时分子在盒子中间，放开限制成品模拟时分子跑到了水盒子边缘。可以直接平移到中间得到氨基酸第一配位的个数，这样操作正确吗？

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qyl 发表于 Post on 2024-5-20 13:59:22

sobereva 发表于 2024-5-19 00:17
本来氨基酸就会扩散运动，这再正常不过，能一直待在中央不动才新鲜

gmx rdf、VMD的radial pair distribu ...

多谢老师指点

sobereva 发表于 Post on 2024-5-19 00:17:17

本来氨基酸就会扩散运动，这再正常不过，能一直待在中央不动才新鲜

gmx rdf、VMD的radial pair distribution function插件，在计算rdf的时候都会考虑PBC，通过积分rdf得到的配位数对当前情况也自然是正常的。

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