计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

新手求助,请问PESs是什么

查看数: 1055 | 评论数: 8 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2024-5-19 15:21

正文摘要:

Computational details. Why onlythree molecules were fully optimized?The B3LYP/6-311++G** methodshould be employed to perform the optimizations in gas phase and in solution.The PESs should be studied i ...

回复 Reply

wzkchem5 发表于 Post on 2024-5-20 16:23:34
MuunYoo 发表于 2024-5-20 06:23
感谢sob大神的解答!我要计算的应该是我自己合成出来的多苯环的刚性分子,审稿人要求我计算其势能面以找 ...

如果你已经做了结构优化,但是审稿人仍然提出这个问题,说明审稿人希望你做构象搜索。
注意多个苯环不能保证构象唯一
MuunYoo 发表于 Post on 2024-5-20 13:23:01
sobereva 发表于 2024-5-20 02:19
我不知道你算的什么分子。如果是柔性分子,必须做构象搜索,相当于寻找势能面(PES)上最低或者最低一批结 ...

感谢sob大神的解答!我要计算的应该是我自己合成出来的多苯环的刚性分子,审稿人要求我计算其势能面以找到最低能量的构象,我正在为此想办法!
MuunYoo 发表于 Post on 2024-5-20 13:18:59
dnlx 发表于 2024-5-19 22:28
就是让你气相和溶液相分别优化吧,你是不是只优化了气相情况?气相的势能面不能够代替溶液相的。

另外, ...

我提交的初稿里只是优化了溶液情况下,我本来是用6-31g(d)+D3的。因为我文章的重点并不是计算,而是性质,本来包含的计算部分只是计算HOMO-LUMO,用变化趋势来简单解释实验结果,但是这个审稿人全都是针对我的计算部分进行提出意见……其中要补充大量的计算内容
sobereva 发表于 Post on 2024-5-20 02:19:44
我不知道你算的什么分子。如果是柔性分子,必须做构象搜索,相当于寻找势能面(PES)上最低或者最低一批结构,看以下信息了解构象搜索常识

构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

柔性分子的NMR对构象往往很敏感,这是为什么必须考虑构象搜索问题。看下文对于氨基酸的NMR谱的绘制是怎么考虑的
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html

看下文了解什么叫势能面(PES)
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html

顺带强烈建议通过北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)恶补下理论计算的各种基本知识,PES这种做计算最基本的概念都不知道的话,几乎不可能做正确、有意义的计算,每次审稿人一问就傻眼。


dnlx 发表于 Post on 2024-5-19 22:28:19
就是让你气相和溶液相分别优化吧,你是不是只优化了气相情况?气相的势能面不能够代替溶液相的。

另外,6-311++G**基组是你投稿时就用的,还是审稿人要求你用的?NMR不需要加弥散:
http://sobereva.com/119
MuunYoo 发表于 Post on 2024-5-19 20:20:20
Weldingspock 发表于 2024-5-19 16:09
Potential energy surfaces势能面吧。

感谢解答!
Weldingspock 发表于 Post on 2024-5-19 16:09:09
Potential energy surfaces势能面吧。
MuunYoo 发表于 Post on 2024-5-19 15:24:18
还有一点我不是很理解,为什么审稿人提出要看在气相和液相中结构呢(他具体是想看什么数据呢)

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 05:09 , Processed in 0.481645 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list