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酶和四糖底物结合能分析，四糖底物拓扑结构生成求助

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艾小野

发布时间: 2024-5-19 19:27

正文摘要:

各位老师们你们好，最近想做一个多糖裂解酶和四糖底物之间的结合能分析，利用pymol从NCBI复合物晶体结构中直接获取了四糖底物（GMGM）的pdb，利用Autodock vina对接，选择了一个对接位置和氢键数目比较理想的构象， ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-23 04:29:21

艾小野发表于 2024-5-22 09:58
谢谢社长老师的回复，后续查到资料复合物在跑NVT和npt平衡中，会对配体加限制，正式MD再取消限制。我当时 ...

当前没明显问题

sobereva 发表于 Post on 2024-5-22 05:43:24

艾小野发表于 2024-5-21 16:47
谢谢社长老师的回复！！我的配体就是四糖的寡糖，我觉得它分子量不算大，所以直接图省事方便，用了Sobtop ...

GAFF虽然没有glycam力场描述糖理想，但也没明显问题
是

艾小野 发表于 Post on 2024-5-21 16:47:06

sobereva 发表于 2024-5-20 02:40
配体和多糖的拓扑文件应当分别产生
配体用sobtop (http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF的拓扑文件， ...

谢谢社长老师的回复！！我的配体就是四糖的寡糖，我觉得它分子量不算大，所以直接图省事方便，用了Sobtop（真的超级好用，学习成本几乎为零，新手大喜）生成底物的itp gro top文件，然后蛋白用了常用组合力场Amber14sb，没对配体位置限制直接先跑了5ns，VMD下看了轨迹配体没有跑出口袋，这里想请教社长老师：Sobtop可以用来生成寡糖的拓扑文件嘛？然后还想问是不是配体模拟的最开始只要没有脱离的话就说明底物结合比较稳定，可以不用加位置限制预跑？

艾小野 发表于 Post on 2024-5-20 11:20:43

sobereva 发表于 2024-5-20 02:38
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

抱歉社长，下次一定注意

sobereva 发表于 Post on 2024-5-20 02:40:09

配体和多糖的拓扑文件应当分别产生
配体用sobtop (http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF的拓扑文件，多糖部分可以用AmberTools里的leap产生，然后acpype转成gromacs的拓扑文件

sobereva 发表于 Post on 2024-5-20 02:38:21

艾小野发表于 2024-5-19 19:29
这是Autodock对接前后的配体pdb文件，然后试过未对接的配体可以利用charmm-gui成功得到输入文件

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

艾小野 发表于 Post on 2024-5-19 19:29:54

这是Autodock对接前后的配体pdb文件，然后试过未对接的配体可以利用charmm-gui成功得到输入文件

gmgm.pdb

9.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

subsrate(docking).pdb

14.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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