如何使用Packmol构建两个石墨烯炭层以及炭层间放入一些溶剂溶质分子

查看数: 2515 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 2

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-5-19 21:47

本帖最后由 Dreamer1 于 2024-5-19 21:57 编辑老师好，我现在想用gromacs跑一个分子动力学，我想建模设立两个石墨烯炭层，然后在两个炭层之间放入水溶液（水分子和离子液体的阴阳离子），然后跑完MD后，我的目的 ...

回复 Reply

Dreamer1 发表于 Post on 2025-11-13 21:29:03

liuhao 发表于 2025-11-13 08:43
恒电势只能去找合作的老师或者改用lammps了

你可以试一试lammps的，我没测试过速度。其实如果常规稀溶液体系，恒电势还是挺快的

liuhao 发表于 Post on 2025-11-13 08:43:23

Dreamer1 发表于 2025-11-11 22:42
恒电荷审稿没过关，遇到了计算方向的审稿人，我做的高浓和局部高浓确实存在这个问题，恒电荷不能准确描述 ...

恒电势只能去找合作的老师或者改用lammps了

Dreamer1 发表于 Post on 2025-11-11 22:42:03

liuhao 发表于 2025-11-11 20:29
大佬，你后来用恒电荷法了吗，恒电荷法应该如何给碳原子设定电荷呀

恒电荷审稿没过关，遇到了计算方向的审稿人，我做的高浓和局部高浓确实存在这个问题，恒电荷不能准确描述这种体系的电极电势，得到的结果差距较明显。所以后来我改用了恒电势。恒电荷就是通过泊松方程计算电极表面电荷密度，然后再得到原子电荷量。

liuhao 发表于 Post on 2025-11-11 20:29:33

Dreamer1 发表于 2024-5-20 23:28
老师，packmol我使用得还不是很熟练，所以我就用您之前gromacs培训课（无限延展的石墨烯+纳米水滴）的教 ...

大佬，你后来用恒电荷法了吗，恒电荷法应该如何给碳原子设定电荷呀

sobereva 发表于 Post on 2024-5-21 02:11:46

1 可以，但应当在两侧留出真空区（除非用的是XY周期性）

2 看相关文献的做法

3 设成冻结组

sobereva 发表于 Post on 2024-5-20 02:45:48

packmol里把碳层插入的位置用fixed指定，溶液部分通过恰当的约束指定插入区域

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register