如何使用Packmol构建两个石墨烯炭层以及炭层间放入一些溶剂溶质分子

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发布时间: 2024-5-19 21:47

本帖最后由 Dreamer1 于 2024-5-19 21:57 编辑老师好，我现在想用gromacs跑一个分子动力学，我想建模设立两个石墨烯炭层，然后在两个炭层之间放入水溶液（水分子和离子液体的阴阳离子），然后跑完MD后，我的目的 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-21 02:11:46

1 可以，但应当在两侧留出真空区（除非用的是XY周期性）

2 看相关文献的做法

3 设成冻结组

sobereva 发表于 Post on 2024-5-20 02:45:48

packmol里把碳层插入的位置用fixed指定，溶液部分通过恰当的约束指定插入区域

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