VMD统计距离中心分子3.5埃以内的小分子个数时如何避免分子跨过盒子边缘统计不上

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发布时间: 2024-5-21 10:02

如题，图片中紫色为中心分子A，周围有绿色小分子B（含14个原子），我想统计轨迹中（共2000帧）距离A中心分子3.5埃以内的B分子个数的变化，但是轨迹中会因为周期性原因，一部分B小分子跨过盒子到了另一侧，我用以下脚 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-22 05:39:53

DwyaneWan 发表于 2024-5-22 02:24
请问sob老师，如果用 sqr(x-5)+sqr(y+4)+sqr(z) < sqr(5)，是否会考虑周期边界条件？

不会

DwyaneWan 发表于 Post on 2024-5-22 02:24:25

sobereva 发表于 2024-5-21 10:31
用pbwithin代替within

请问sob老师，如果用 sqr(x-5)+sqr(y+4)+sqr(z) < sqr(5)，是否会考虑周期边界条件？

sobereva 发表于 Post on 2024-5-21 10:31:04

用pbwithin代替within

参与人数 Participants 2	eV +4	收起理由 Reason
418086011	+ 2	正解
Puying	+ 2	我很赞同

fhh2626 发表于 Post on 2024-5-21 10:14:11

用pbc wrap将A分子移动到盒子中心

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