lijilo 发表于 2025-11-22 18:23
你跑了多少ns？如果时间比较长，那么真的是脱离了，按照流程来说已经给小分子MOL加过了限制势，按理说不 ...

我跑了200ns，不过我不是小分子跑出来，而是蛋白质自己的两个结构性离子会跑出来，使用gmx trjconv结合-pbc mol后两个离子RMSD波动仍然很大，并且用pymol后查看发现两个离子确实跑了出来。我这个帖子写得更详细一点，麻烦老师指导一下。
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=75963

hutaonilu 发表于 2025-11-20 16:05
想问一下，我模拟完后我的蛋白质里含有的结构性钙离子会跑出蛋白质，要进行额外的限制处理吗？

你跑了多少ns？如果时间比较长，那么真的是脱离了，按照流程来说已经给小分子MOL加过了限制势，按理说不会轻易脱离活性口袋，如果真的跑出了活性口袋，那么很有可能是真的结合作用模式不稳定

想问一下，我模拟完后我的蛋白质里含有的结构性钙离子会跑出蛋白质，要进行额外的限制处理吗？

花颂渊 发表于 2025-9-15 12:18
请问后续是怎么解决的？

您可以仔细看一下生成的gro文件末尾是否出现了小分子和蛋白质连成一行的问题，另外就是仔细复习一下top文件的顺序，不要前后引入的内容出现颠倒。

wangxiaohai 发表于 2025-8-13 17:14
用作者的这个命令“3.产生蛋白质连带一个离子的拓扑文件
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p t ...

请问后续是怎么解决的？

lijilo 发表于 2025-8-15 21:49
查看一下你的引用顺序，是否有错误，另外就是你的top文件末尾是否确认添加了你的两个小分子配体的resname ...

谢谢老师

wangxiaohai 发表于 2025-8-13 17:14
用作者的这个命令“3.产生蛋白质连带一个离子的拓扑文件
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p t ...

并不是每一个体系之中都含有离子，就如同楼上sob老师所说，需要根据你的具体情况进行输入，我给你粘贴的就是我的蛋白质-配体分子之间的引用顺序，重点是每次对top文件有修改后都手动进去看一下末尾，引入的蛋白质、小分子、离子、溶液分子是否正确换行，其他的基本上不会出现太多问题。

用作者的这个命令“3.产生蛋白质连带一个离子的拓扑文件
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top
//选择AMBER99SB-ILDN力场和TIP3P水(注意，如果静电荷不为零: Total charge in system x.000 e 则需要添加抗衡离子)
//得到的topol——Protein_chain_        A.itp对应蛋白，topol_Ion_chain_A2.itp对应离子,posre开头的文件对应限制势itp”也没有对应的Protein_chain_A.itp产生，被卡1天了都

我是蛋白和2个配体，构建的topol文件一直有这样的报错，该怎么修改啊，我直接用的sobtop生成的小分子拓扑文件，求求了

薄乐 发表于 2025-6-13 15:09
//将mdp模板中的em.mdp,pr.mdp,md.mdp拷贝到当前目录
这三个文件应该在哪里找到呢？

请看我帖子最后的附件

//将mdp模板中的em.mdp,pr.mdp,md.mdp拷贝到当前目录
这三个文件应该在哪里找到呢？

9heihei6 发表于 2025-2-21 01:08
并且我在这一步忽视掉这个警告，却在进行em时又出现了报错，请问是同一个问题么？如何解决呢？
WARNING: ...

看上去你这里有两个原子之间的距离太近了呢，你可以找一下这两个原子，手动删除一个？

9heihei6 发表于 2025-2-21 01:01
请问一下，如果跟着楼主的步骤进行操作，但是区别是我是用ACPYPE Server处理的配体，不过也是得到了ITP/TOP ...

并且我在这一步忽视掉这个警告，却在进行em时又出现了报错，请问是同一个问题么？如何解决呢？
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 3475 and 3482
at distance 2.611 which is larger than the table limit 2.050 nm.

This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.

IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension
distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.