参数在于两方面，一方面是LJ参数，一方面是bonded相关参数。LJ参数用UFF的凑合没明显问题。配位区域通常是刚性的，直接用sobtop自动猜参数（即平衡键长/键角对应当前输入结构，力常数自动分配个大小适中的）就能在动力学模拟过程中维持刚性结构。