用pymol看轨迹文件时，蛋白质的三条肽链中的一条分离又结合，分离又结合是为什么？

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发布时间: 2024-5-22 10:05

当我看整个轨迹文件时发现我的蛋白质有一些情况，有几个疑问： 1.我的蛋白质I型胶原（collagen），是由三条肽链组成的，其中一条肽链时而分离时而结合是为什么？是代表本身的性质吗？ 2.如果不是，应该怎样做出调 ...

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yeatshitomi 发表于 Post on 4 day ago

student0618 发表于 2026-4-9 14:40
先用gmx trjconv -pbc cluster处理轨迹

按照老师的方法解决了，非常感谢！

student0618 发表于 Post on 4 day ago

yeatshitomi 发表于 2026-4-9 12:33
老师您好，我最近也在做胶原相关的模拟，遇到了一样的问题，请问这个老师解决了吗？跪求老师的解决方法

先用gmx trjconv -pbc cluster处理轨迹

yeatshitomi 发表于 Post on 4 day ago

老师您好，我最近也在做胶原相关的模拟，遇到了一样的问题，请问这个老师解决了吗？跪求老师的解决方法

sobereva 发表于 Post on 2024-5-22 10:54:15

强烈建议用VMD看轨迹
在VMD里把盒子显示出来，弄清楚是不是跨了盒子

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