vmd显示轨迹文件的二级结构出错

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发布时间: 2024-5-22 15:20

使用gmx trjconv将蛋白和配体xtc轨迹提出，然后用pymol将pr.gro文件删除水分子以及平衡电荷的Na并保存为pdb，将轨迹导入之后，无法判定二级结构。

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lxhpdx 发表于 Post on 2024-5-23 08:36:05

sobereva 发表于 2024-5-23 03:00
加上-s指定tpr文件

问题已解决谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-5-23 03:00:56

lxhpdx 发表于 2024-5-22 17:27
老师这边显示不能单独处理结构文件。

加上-s指定tpr文件

sobereva 发表于 Post on 2024-5-22 15:22:40

毫无理由牵扯到pymol
轨迹文件用trjconv保留哪些部分，gro文件也用trjconv处理保留哪些部分，使得新的gro和新的轨迹文件对应。之后VMD直接载入gro文件、轨迹文件就完了。

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