求助：水结冰模拟时建好模的冰晶第一步md就全散了

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发布时间: 2024-5-23 11:44

本帖最后由 Mr.zhen 于 2024-5-23 11:47 编辑对水结冰过程的模拟很感兴趣，在翻阅其他人的帖子后尝试自己用GROMACS进行水结冰过程的模拟，先使用packmol建立了一个上下是冰中间是水的模型（图1），以此进行md模 ...

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Seyilaxa 发表于 Post on 2024-5-24 15:35:30

Mr.zhen 发表于 2024-5-23 21:28
我的冰层的确有点薄了，不过冰层解冻不是一个逐渐的过程吗，为什么会第一帧就全散了呢

一帧不代表只有一步，一帧的时间可以很长也可以很短，取决于.mdp文件中nstxout-compressed选项隔多久写入一次轨迹。
第一帧就全散了说明体系不稳定，可能是冰层太薄导致中间的冰结构无法被两侧冰稳定，再在自身的初动能和水层分子的撞击共同作用下散开。

Mr.zhen 发表于 Post on 2024-5-23 21:28:48

Seyilaxa 发表于 2024-5-23 18:54
水分子过多过少问题倒不大，但至少初始冰的体积要足够以保证冰的部分在模拟起始阶段能保持稳定
参考楼上 ...

我的冰层的确有点薄了，不过冰层解冻不是一个逐渐的过程吗，为什么会第一帧就全散了呢

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-5-23 18:54:32

Mr.zhen 发表于 2024-5-23 18:39
谢谢您的指点，我重新建模将冰放置于水分子之间，情况似乎没有改善，仍然是md或npt的第一帧冰的结构就完 ...

水分子过多过少问题倒不大，但至少初始冰的体积要足够以保证冰的部分在模拟起始阶段能保持稳定
参考楼上sob老师的建模，以及之前在公社分享过的TIP4P-ice水模型
http://bbs.keinsci.com/thread-32973-1-1.html

Mr.zhen 发表于 Post on 2024-5-23 18:39:03

Seyilaxa 发表于 2024-5-23 14:19
把体系平移一下，看看上下跨越边界处的冰分子结构是否合理（粗略看了一下似乎边界处的结构没对接上）
跨边 ...

谢谢您的指点，我重新建模将冰放置于水分子之间，情况似乎没有改善，仍然是md或npt的第一帧冰的结构就完全散了。甚至em的最终结果也是散的，这是不是因为建模时水分子过多或过少呢

sobereva 发表于 Post on 2024-5-23 15:12:38

这种体系要用正交视角显示，否则根本看不清楚冰的结构

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里模拟结冰的例子的模型

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-5-23 14:19:02

把体系平移一下，看看上下跨越边界处的冰分子结构是否合理（粗略看了一下似乎边界处的结构没对接上）
跨边界处的结构处理相对比较复杂，建议像网上的教程一样建模时使用水-冰-水的结构建模，把冰放在中间，条件允许的话冰的结构可以略厚一些

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