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请问trappe力场描述的180度键角的气体分子模拟之后键角改变，怎么解决？

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发布时间: 2024-5-23 16:48

正文摘要:

请问各位，我使用trappe力场将cos（180度键角）气体进行em，eq，prod模拟，最后在prod.gro中气体分子的键角变了怎么办？请大家指教。

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margin 发表于 Post on 2024-5-24 10:42:28

lyj714 发表于 2024-5-24 10:25
考虑用虚拟位点，针对这种直线型分子比较好用。单纯的constraints字段也达不到很好的效果，算法的问题。

我也是想用虚拟位点，但是我这个不是对称性，用虚拟位点之后的a（权重)
[ virtual_sites2 ]
; Site  from       funct  a
1    4    5    1    0.5000000
2    5    4    1    1.0863000
3    4    5    1    1.0863000
这些数据不知道怎么写，请问大佬有没有推荐的资料，可以学习一下

lyj714 发表于 Post on 2024-5-24 10:25:01

本帖最后由 lyj714 于 2024-5-24 10:30 编辑

考虑用虚拟位点，针对这种直线型分子比较好用。单纯的constraints字段也达不到很好的效果，算法的问题。

margin 发表于 Post on 2024-5-24 09:21:07

sobereva 发表于 2024-5-23 17:19
谐振势描述的键角本来就不会严格维持平衡值，轻微偏离是完全正常而且也是自然而然的事。即便你跑从头算动力 ...

老师我这个设置约束是需要引入虚拟点吗？还是在【constraints】里面直接约束

sobereva 发表于 Post on 2024-5-23 17:19:38

谐振势描述的键角本来就不会严格维持平衡值，轻微偏离是完全正常而且也是自然而然的事。即便你跑从头算动力学，CO2也不是精确始终保持直线。
要精确保持键角180度，需要设置约束

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