先不谈其他的问题，当你用了state average的时候，通常来说程序给出的密度矩阵也是态平均的密度矩阵，而不是基态的，所以自然轨道也不是基态的。当然这和具体的操作步骤有关，我只能说通常是这样的。

其他的问题：

不知道这个判断依据是否足够？

不够，需要检验波函数稳定性。

请问是不是我的casscf计算设置错误？

一般来说合理的casscf计算需要恰当的初猜，比如UNO。guess=mix是给对称破缺uhf用的，不是给casscf计算用的。