如果生成石墨烯炭层的itp和top文件？

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发布时间: 2024-5-25 22:52

老师好，我这里想做石墨烯炭层相关的分子动力学模拟，现在已经通过vmd生成了石墨烯炭层的gro和pdb文件（下面附上石墨烯炭层的图片，石墨烯尺寸5nm*5nm）。下一步我想生成石墨烯炭层的itp和top文件，现在有三个问题需 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-26 04:20:34

GAFF力场，用ca原子类型，完全合适

我很纳闷怎么总有人以为用sobtop创建拓扑文件非得做振动分析、提供fch文件，http://sobereva.com/soft/Sobtop第一个例子一开头就写得明明白白

仔细把sobtop网页里“产生碳纳米管的GROMACS拓扑文件”的例子看了

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