关于计算RDF过程怎么判断平衡问题请教

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发布时间: 2024-5-29 10:33

本帖最后由 KCM@SHU 于 2024-5-31 09:37 编辑各位老师，我想通过lammps计算A原子周围B原子的RDF存在情况来判断A对B的吸附情况。我体系设置了1200个水分子，25个B原子。然后改变A原子的个数来模拟得到RDF，整个模 ...

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KCM@SHU 发表于 Post on 2024-6-2 17:57:38

sobereva 发表于 2024-6-1 10:12
可以

当前情况不好说。计算三种情况的羧基周围的空间分布函数，看看能否看出原因

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-6-1 10:12:35

KCM@SHU 发表于 2024-5-31 09:37
老师我的A分子是乙酸上面脱氢羧酸上面那个氧，B分子是Fe3+，我想通过模拟羧酸脱氢带负电那个氧原子周围铁 ...

可以

当前情况不好说。计算三种情况的羧基周围的空间分布函数，看看能否看出原因

KCM@SHU 发表于 Post on 2024-5-31 09:37:22

本帖最后由 KCM@SHU 于 2024-5-31 09:38 编辑

sobereva 发表于 2024-5-30 15:54
没有分子的特征描述，都没法说用rdf讨论吸附是否靠谱。rdf经常被过度地滥用

平衡的判断：

老师我的A分子是乙酸上面脱氢羧酸上面那个氧，B分子是Fe3+，我想通过模拟羧酸脱氢带负电那个氧原子周围铁离子数量来判断吸附能力，老师这样可以吗？我是打算先模拟小分子，然后慢慢增大到带羧酸长链的聚合物

sobereva 发表于 Post on 2024-5-30 15:54:12

没有分子的特征描述，都没法说用rdf讨论吸附是否靠谱。rdf经常被过度地滥用

平衡的判断：
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

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