Lys和Asp侧链异肽键相关力场参数的添加

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发布时间: 2024-5-30 09:32

本帖最后由 MELO 于 2024-6-1 13:45 编辑各位老师好，最近课题组在进行融合蛋白的研究，需要对力场文件添加基于ASP和LYS参数修改后含异肽键的ASQ和LYT。我的问题是模拟的融合蛋白中 ...

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luyu 发表于 Post on 4 day ago

MELO 发表于 2024-6-1 13:33
我也是想从根源上解决这个问题，直接从力场文件中添加相关参数，直接通过pdb2gmx生成这一个键，但是目前 ...

请问你解决了吗

MELO 发表于 Post on 2024-6-1 13:33:48

对抗路达摩发表于 2024-5-31 16:45
我当初做过一个类似的建模，是把两个MET的S用一个有机基团连接起来，实验组的同学把这个叫做“硫盐”。我当 ...

我也是想从根源上解决这个问题，直接从力场文件中添加相关参数，直接通过pdb2gmx生成这一个键，但是目前没有解决这个问题。

对抗路达摩 发表于 Post on 2024-5-31 16:45:10

我当初做过一个类似的建模，是把两个MET的S用一个有机基团连接起来，实验组的同学把这个叫做“硫盐”。我当时的实现是准备好为成键的两边，用pdb2gmx生成拓扑文件，然后再手动生成连接部分的各种键连关系。这个方法有点繁琐，但应该是可以work的

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