Huly 发表于 2024-6-18 22:23
卢老师，我用ORCA计算了单点能，根据 EAB-EA-EB计算了两个核苷酸之间的非键相互作用；然后我又用GROMACS ...

我不知道你的计算目的是什么。如果是量子化学和力场计算的某一帧结构下的结果直接对比，实际研究是什么温度就设什么温度跑MD就完了

sobereva 发表于 2024-5-30 15:18
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里提 ...

卢老师，我用ORCA计算了单点能，根据 EAB-EA-EB计算了两个核苷酸之间的非键相互作用；然后我又用GROMACS计算了两个核苷酸的非键相互作用，使用的mdp文件是从官网NVT模拟的mdp文件改的，模拟默认温度是300k；但是我发现ORCA计算时根本不考虑温度，那我模拟时温度该设为多少呢？

sobereva 发表于 2024-6-1 10:21
ppt里说了，此时rcoulomb应尽量设大

好的 谢谢卢老师

Huly 发表于 2024-5-31 16:25
谢谢老师，我将cutoff-scheme方式改成group，coulombtype改成Cut-off，其他的参数不用调整吧
; Nonbonde ...

ppt里说了，此时rcoulomb应尽量设大

sobereva 发表于 2024-5-30 15:18
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里提 ...

谢谢老师，我将cutoff-scheme方式改成group，coulombtype改成Cut-off，其他的参数不用调整吧
; Nonbonded settings
cutoff-scheme           = group    ; Buffered neighbor searching
ns_type                 = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist                 = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb                = 1.2       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                    = 1.2       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
DispCorr                = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Electrostatics
coulombtype             = Cut-off       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order               = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing          = 0.16      ; grid spacing for FFT

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里提到的需要注意的问题