已有SDF格式小分子（已知键及总电荷），如何正确输入拓扑，使MOZYME时电荷算对呢？

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发布时间: 2024-5-31 22:09

本帖最后由 papercup 于 2024-5-31 22:16 编辑 RT，请教各位老师各位高手。目前已经有人工检查过protonation状态的SDF格式小分子，链接如下： https://github.com/Honza-R/PL-RE ... rex/5NXG/ligand.sdf ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-6-3 23:46:59

papercup 发表于 2024-6-3 16:46
好的，感谢sob老师回复。
总原子数基本在2000左右，那我先拿xtb来初步试一下。

直接用xtb跑GFN-xTB就完了，没必要MOZYME

papercup 发表于 Post on 2024-6-3 16:46:55

sobereva 发表于 2024-6-1 09:57
最好把整个复合物的信息给出，说明总原子数。很可能xtb做GFN1-xTB直接就能跑得动，而不需要MOZYME

好的，感谢sob老师回复。
总原子数基本在2000左右，那我先拿xtb来初步试一下。

sobereva 发表于 Post on 2024-6-1 09:57:02

最好把整个复合物的信息给出，说明总原子数。很可能xtb做GFN1-xTB直接就能跑得动，而不需要MOZYME

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