求助：结冰模拟时总有一团水分子不能结冰成功

查看数: 1164 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-6-1 08:10

以中间是冰两侧是水的模型进行水结冰的模拟（.mdp文件已上传），发现左侧的水在50ns时基本已完成结冰（图1），而右侧一直有一团水在不断移动一直不结冰，移动到哪里就会破坏掉那里已经结好的冰晶结构（图2为75ns时， ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-6-2 09:23:45

Mr.zhen 发表于 2024-6-1 14:37
您的意思是需要在md之前进行一次npt吗？我是em之后直接进行的md，之前一直不太清楚npt这步的作用，好像只 ...

水和冰的密度明显不同，模拟结冰显然得用控压，要不然盒子尺寸不合适
“npt的nsteps设多少比较好” 语义不明。正确理解NPT这个词，这是指系综，而不是什么具体计算步骤/阶段

Mr.zhen 发表于 Post on 2024-6-1 14:37:34

sobereva 发表于 2024-6-1 10:04
如果是体相的模拟，用全各向异性控压再试

您的意思是需要在md之前进行一次npt吗？我是em之后直接进行的md，之前一直不太清楚npt这步的作用，好像只有热浴压浴不一样，也不知npt的nsteps设多少比较好，所以计算时忽略了

sobereva 发表于 Post on 2024-6-1 10:04:49

如果是体相的模拟，用全各向异性控压再试

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register