求助，在成品模拟出现如下提示是意味着NPT没有做好吗

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发布时间: 2024-6-2 13:20

在最后的成品模拟出运行时，出现如下提示是意味着NPT没有做好吗，是不是还是处于不稳定状态呢？这样的提示，总的提示了3步。附：prd.mdp integrator & ...

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jlyjlysjd 发表于 Post on 2024-6-3 08:40:51

weimin6919 发表于 2024-6-2 20:23
如果用的版本比较新的gmx就用C-rescale

好的谢谢

jlyjlysjd 发表于 Post on 2024-6-3 08:40:24

Seyilaxa 发表于 2024-6-2 20:05
如果明确体系没有出现异常倒是没什么大问题，PR压浴确实是容易出现振荡，尤其是体系没有完全平衡的时候
...

好的谢谢

weimin6919 发表于 Post on 2024-6-2 20:23:42

如果用的版本比较新的gmx就用C-rescale

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-6-2 20:05:07

jlyjlysjd 发表于 2024-6-2 16:36
请问我刚刚跑完成品模拟，截取到最后一帧，查看结果，感觉是很合理的，这样是不是可以说明这个系统是正常 ...

如果明确体系没有出现异常倒是没什么大问题，PR压浴确实是容易出现振荡，尤其是体系没有完全平衡的时候
实在担心可以换社长推荐的C-rescale，原理上更好只是目前还不如PR普及

jlyjlysjd 发表于 Post on 2024-6-2 16:36:41

Seyilaxa 发表于 2024-6-2 13:24
先观察轨迹看看报错前后系统有没有什么异常现象

请问我刚刚跑完成品模拟，截取到最后一帧，查看结果，感觉是很合理的，这样是不是可以说明这个系统是正常的，可以忽视这个提示信息呢

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-6-2 13:24:23

先观察轨迹看看报错前后系统有没有什么异常现象

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