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求助帖：molclus使用gromacs无法产生tpr脚本

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小林

发布时间: 2024-6-3 11:59

正文摘要:

向各位大神请教，课题组没有使用gromacs,独自摸索，可能犯了一些基本错误，请大家指正。配置是安装了gromacs2019配置在了vmware centos7.6虚拟机下使用，gromacs2019测试能完成水中的溶菌酶的模拟（包括nvt，npt以 ...

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小林 发表于 Post on 2024-6-3 20:19:45

sobereva 发表于 2024-6-3 19:07
我都看不懂你要干嘛
如果就是要对水的四聚体做构型搜索，根本不需要gromacs跑动力学，直接用下文的genmer+ ...

感谢sob老师指教，已经换着用genmer学习了，安装了gromacs发现跟着上面帖子，报了错，解决不了挺郁闷的，单纯想克服过去

sobereva 发表于 Post on 2024-6-3 19:07:59

我都看不懂你要干嘛
如果就是要对水的四聚体做构型搜索，根本不需要gromacs跑动力学，直接用下文的genmer+molclus的做法就完了，省事百倍
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

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