乐平 发表于 2024-6-3 22:08
回忆一下中学物理，频率是不是在振动里学的？

如果你把所有原子都固定了，那怎么振动呢？

请问老师，我是固定了底层原子来搜的过渡态，成功搜出来了。然后用的这个固定底层原子的模型结构计算频率，在outmol文件里也显示finished successfully，但频率分析的时候，强度那一列都是0，这是因为固定了底层，所以强度都为0嘛，但outmol文件最后提示成功完成，所以我不太明白是不是与底层固定有关，计算频率是不是需要都不固定呀？就是只固定底层原子也不行

nullzy 发表于 2024-6-3 17:50
原子全固定了，频率当然算不了了。

请问老师，我是固定了底层原子来搜的过渡态，成功搜出来了。然后用的这个固定底层原子的模型结构计算频率，在outmol文件里也显示finished successfully，但频率分析的时候，强度那一列都是0，这是因为固定了底层，所以强度都为0嘛，但outmol文件最后提示成功完成，所以我不太明白是不是与底层固定有关，计算频率是不是需要都不固定呀？就是只固定底层原子也不行

回忆一下中学物理，频率是不是在振动里学的？

如果你把所有原子都固定了，那怎么振动呢？

HydroKagami 发表于 2024-6-3 20:42
我是做电催化的，大一学生，刚入门计算，用dmol3算了一段时间开始深入了解，在学习vasp。之前用MS计算自 ...

俺楼上说的来吧，只算吸附后固定slab的频率就行了

nullzy 发表于 2024-6-3 20:08
不知道你是不是做理论催化的，领域不一样可能计算方式有区别，做催化的时候一般只算吸附中间体跟气态分子 ...

我是做电催化的，大一学生，刚入门计算，用dmol3算了一段时间开始深入了解，在学习vasp。之前用MS计算自由能是完全交给老师写的脚本当黑箱操作的，但是明确的知道，算台阶的时候第一步单独载体不吸附中间体的自由能也是要固定后交给脚本计算得出的

HydroKagami 发表于 2024-6-3 17:55
谢谢老师回复，我以前是用MS算第一性原理，之前同样的体系的自由能是用老师给的脚本，那里面要求用ase固 ...

不知道你是不是做理论催化的，领域不一样可能计算方式有区别，做催化的时候一般只算吸附中间体跟气态分子的自由能，slab的ZPE跟TS我们一般视为0。

nullzy 发表于 2024-6-3 17:50
原子全固定了，频率当然算不了了。

谢谢老师回复，我以前是用MS算第一性原理，之前同样的体系的自由能是用老师给的脚本，那里面要求用ase固定，也能得出结果，我就照葫芦画瓢固定了这些原子。那请问老师这是完全不需要固定还是要把xy平面给固定了，只留下高度进行频率计算？

原子全固定了，频率当然算不了了。