计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › Linux服务器使用gmx2023.5模拟50ns蛋白复合物体系，计算 ...

Linux服务器使用gmx2023.5模拟50ns蛋白复合物体系，计算速度正常吗

查看数: 1126 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

12313

发布时间: 2024-6-4 20:43

正文摘要:

各位老师好，我已经在服务器上成功安装了支持CUDA加速且用AVX_512指令集计算的gromacs-2023.5版本，但是在用gmx mdrun -v -deffnm 运行时，感觉效果并不是很好，不知道这个计算速度正常吗，运行时长大约 ...

回复 Reply

喵星大佬 发表于 Post on 2024-6-5 16:56:29

Seyilaxa 发表于 2024-6-5 10:38
就是指模拟的体系有多少个原子，原子数越多自然跑的越慢
像上面老师说的，要把GPU和体系的相关信息都结 ...

正常的生物分子模拟建议用朗之万积分器，那个用不了-update gpu，不过不知道楼主是啥情况

12313 发表于 Post on 2024-6-5 11:27:48

Seyilaxa 发表于 2024-6-5 10:38
就是指模拟的体系有多少个原子，原子数越多自然跑的越慢
像上面老师说的，要把GPU和体系的相关信息都结 ...

好的谢谢老师，我会重新发帖的

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-6-5 10:38:50

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-6-5 10:43 编辑

12313 发表于 2024-6-5 10:35
不好意思老师，我是个小白，该怎么知道自己的体系大小呢

就是指模拟的体系有多少个原子，原子数越多自然跑的越慢
像上面老师说的，要把GPU和体系的相关信息都结合起来，才能判断运行是否正常
不过或许应该先考虑把update搭载到gpu上的问题

12313 发表于 Post on 2024-6-5 10:35:43

Seyilaxa 发表于 2024-6-4 22:53
不清楚体系的具体内容（最简单的比如体系大小）谈计算速度没有意义
另外看你的图上update部分没办法用上GP ...

不好意思老师，我是个小白，该怎么知道自己的体系大小呢

12313 发表于 Post on 2024-6-5 10:34:20

sobereva 发表于 2024-6-5 02:53
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http:// ...

好的老师，下次会注意的

sobereva 发表于 Post on 2024-6-5 02:53:24

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

体系基本特征、CPU和GPU型号、GPU占用率等情况一概不提，毫无意义的问题。论坛里有大量GPU性能测试帖子，首页google框搜了解情况

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-6-4 22:53:42

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-6-4 23:05 编辑

不清楚体系的具体内容（最简单的比如体系大小）谈计算速度没有意义
另外看你的图上update部分没办法用上GPU加速，这会大大拖累计算速度。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register