Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-10-22 09:54 即便是简并的MO轨道,实际在计算、记录时由于数值精度问题,一般也不会能量精确相同。 前线轨道简并时,若只拿其中一个轨道讨论分布,是完全误导的、不可接受的 没法不借助外部工具选择一定能量范围内的轨道 |
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请问一下,multiwfn的分子轨道排序算法是如何处理本征值(CMO的轨道能量,NO的占据数等)存在简并的情形呢?比如有一批结构相似的闭壳层分子都是HOMO二重简并的,如果只用标签h输出multiwfn排序下的HOMO(实际上只是HOMO之一),轨道分布、对应原子处的贡献等特征能保证一致吗? 我知道拿所有简并轨道出来一起展示、讨论是最合理的(就跟非限制性计算后分析两种自旋的alpha和beta轨道类似),但是真这样严谨的文献很难说有多少。 此文介绍了用整体的序号和从HOMO/LUMO开始计的序号选择分子轨道的方法,那么如何不借助外部工具按“在HOMO以下/LUMO以上一定的能量范围内”来选择轨道并批量输出信息呢? |
Freeman 发表于 2023-3-26 13:42 自己写个程序转换格式,或者手动把定域化轨道部分信息覆盖MO部分 |
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本帖最后由 Freeman 于 2023-3-26 13:45 编辑 社长,请问怎么用Multiwfn看gamess-us的局域轨道?gamess-us的局域轨道保存在gms文件的末尾(格式和正则轨道相同但没有轨道能量和虚轨道),用Multiwfn只能看到文件前面的正则轨道。 |
Novice 发表于 2022-6-27 18:38 结合VMD可以。写脚本对一批分子都产生HOMO、LUMO的cub文件,然后在VMD里写tcl脚本,依次读入,并且用绘图命令保存图片 之前论坛上有不止一个相关帖子,比如 http://bbs.keinsci.com/thread-10686-1-1.html |
| 参与人数Participants 1 | eV +3 | 收起 理由Reason |
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| + 3 | 谢谢 |
| 社长,请问有通过脚本批量的把一大批分子的HOMO和LUMO轨道保存成图片的方法吗? |
应Multiwfn用户的需求,今日更新了官网上的Multiwfn,可以在主功能200的子功能3里直接基于HOMO、LUMO序号选择要导出的轨道,相应地在本文中增加了下面这段在这个界面里,如屏幕上的提示所示,还可以基于HOMO、LUMO来选择要计算的轨道。比如输入h就代表选择HOMO、输入l就代表选择LUMO、h-3代表HOMO-3、l+2代表LUMO+2。对于非限制性开壳层波函数,还可以用比如ha-3代表alpha的HOMO-3、用比如lb+5代表beta的LUMO+5。不过这种方式选择轨道一次只能选择一个。 |
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更新了Multiwfn,支持了此功能: 将当前绘图设置(颜色、视角、分子显示方式、绘制轨道用的格点数等等)保存到当前目录下的GUIsettings.ini。以后只要选择载入GUIsettings.ini的选项,就可以立刻恢复之前的绘图设置 |
| 鉴于貌似有些人由于不会用Multiwfn误以为Multiwfn直接显示的轨道图形效果不好,我在此文第2节末尾加入了“总结:用Multiwfn直接绘制出好看的分子轨道图的一般建议流程”部分,按照这个建议可以很容易得到效果很不错的图,虽然比不上Multiwfn+VMD的组合,但也起码比gview强得多,和chemcraft效果至少能达到持平。 |
853474282 发表于 2017-12-5 10:36 这个问题本身就是错误的 如果你是指的分子轨道,通常是呈高度离域的,没有哪个分子轨道直接对应哪个片段之说。顶多是计算各个分子轨道中,体系中氨基酸那一部分对轨道的贡献是多少。(看《谈谈轨道成份的计算方法》http://sobereva.com/131) |
| sob老师,我想问下,我想知道某一个氨基酸对应哪些轨道,这个可以看出来吗 |
wudazhuang509 发表于 2017-11-10 15:05 主页上的总是最新的,现在是3.4.1 |
sobereva 发表于 2017-11-9 15:31 用的版本是3.4,不知是不是最新的 |
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wudazhuang509 发表于 2017-11-8 12:52 确保用的是最新版本。老版本-3是在主界面里,3.4.1版被挪到主功能6里了。 |
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