Freeman 发表于 2023-3-26 13:42 自己写个程序转换格式,或者手动把定域化轨道部分信息覆盖MO部分 |
本帖最后由 Freeman 于 2023-3-26 13:45 编辑 社长,请问怎么用Multiwfn看gamess-us的局域轨道?gamess-us的局域轨道保存在gms文件的末尾(格式和正则轨道相同但没有轨道能量和虚轨道),用Multiwfn只能看到文件前面的正则轨道。 |
Novice 发表于 2022-6-27 18:38 结合VMD可以。写脚本对一批分子都产生HOMO、LUMO的cub文件,然后在VMD里写tcl脚本,依次读入,并且用绘图命令保存图片 之前论坛上有不止一个相关帖子,比如 http://bbs.keinsci.com/thread-10686-1-1.html |
参与人数Participants 1 | eV +3 | 收起 理由Reason |
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| + 3 | 谢谢 |
社长,请问有通过脚本批量的把一大批分子的HOMO和LUMO轨道保存成图片的方法吗? |
应Multiwfn用户的需求,今日更新了官网上的Multiwfn,可以在主功能200的子功能3里直接基于HOMO、LUMO序号选择要导出的轨道,相应地在本文中增加了下面这段在这个界面里,如屏幕上的提示所示,还可以基于HOMO、LUMO来选择要计算的轨道。比如输入h就代表选择HOMO、输入l就代表选择LUMO、h-3代表HOMO-3、l+2代表LUMO+2。对于非限制性开壳层波函数,还可以用比如ha-3代表alpha的HOMO-3、用比如lb+5代表beta的LUMO+5。不过这种方式选择轨道一次只能选择一个。 |
更新了Multiwfn,支持了此功能: 将当前绘图设置(颜色、视角、分子显示方式、绘制轨道用的格点数等等)保存到当前目录下的GUIsettings.ini。以后只要选择载入GUIsettings.ini的选项,就可以立刻恢复之前的绘图设置 |
鉴于貌似有些人由于不会用Multiwfn误以为Multiwfn直接显示的轨道图形效果不好,我在此文第2节末尾加入了“总结:用Multiwfn直接绘制出好看的分子轨道图的一般建议流程”部分,按照这个建议可以很容易得到效果很不错的图,虽然比不上Multiwfn+VMD的组合,但也起码比gview强得多,和chemcraft效果至少能达到持平。 |
853474282 发表于 2017-12-5 10:36 这个问题本身就是错误的 如果你是指的分子轨道,通常是呈高度离域的,没有哪个分子轨道直接对应哪个片段之说。顶多是计算各个分子轨道中,体系中氨基酸那一部分对轨道的贡献是多少。(看《谈谈轨道成份的计算方法》http://sobereva.com/131) |
sob老师,我想问下,我想知道某一个氨基酸对应哪些轨道,这个可以看出来吗 |
wudazhuang509 发表于 2017-11-10 15:05 主页上的总是最新的,现在是3.4.1 |
sobereva 发表于 2017-11-9 15:31 用的版本是3.4,不知是不是最新的 |
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wudazhuang509 发表于 2017-11-8 12:52 确保用的是最新版本。老版本-3是在主界面里,3.4.1版被挪到主功能6里了。 |
本帖最后由 wudazhuang509 于 2017-11-8 14:02 编辑 请问 Multiwfn里面可以只显示部分原子么?我用orca得到的molden文件加载后,选6没有出现-3选项,应该怎样操作呢? |
TIM图片20171108140109.png (86.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 273)
学习了 谢谢sob老师 |
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