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LigParGen与TPPmktop生成拓扑文件报错求解

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发布时间: 2024-6-8 01:04

正文摘要:

输入带有GAFF参数的pdb文件,想生成OPLS-AA参数的拓扑文件 在TPPmktop中选择.PDB文件后,显示如图: 我看了一下教程, TPPmktop似乎要排队,我不清楚应该在Calculation is processing at the server.页面等 ...

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slxc920113 发表于 Post on 2024-6-9 00:18:11
先检查你的pdb文件格式是否标准,如果确定标准,再检查结构是否合理,用可视化软件打开查看是否存在不合理的成键关系,最后检查是否存在opls-AA力场本身就不支持的元素或官能团。如果确定没有问题,而这两个软件因为别的原因用不了,可以试试AuToFF。

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