梵墨 发表于 2024-10-31 09:49
此mdp中的constraint用了all-bonds? 确定这样没问题么

我的体系测试过all-bonds和h-bonds算出来的性质都几乎没有差别，如果其他case有需要的话还是要验证。

二分音符 发表于 2024-7-8 11:52
最重要的一点是nstvout改成5，输出间隔必须非常小。展示Fig.6a时只需要显示几个ps的数据，但是积分的时候得 ...

此mdp中的constraint用了all-bonds? 确定这样没问题么

二分音符 发表于 2024-7-25 17:15
现在的数据波动还是太大了，可能还是没有物理意义。我不确定继续减小步长是否可行。

好的，谢谢老师!

现在的数据波动还是太大了，可能还是没有物理意义。我不确定继续减小步长是否可行。

二分音符 发表于 2024-7-16 20:08
我又重新试了下，把步长改为0.2fs，每步输出速度可以收敛。会有小部分case的caf文件std.dev列显著大于其他c ...

老师。我做了10组数据，对每一组进行积分，得到了以下的面积数据：
1、-0.02303(std先正后负，714.059开始转为负，最后为-3.27208) 舍去
2、0.5655(std全为正，最后为80.2761)
3、-0.24452(std先正后负，但正的很少，大部分为负，从24.648开始转为负。最后为-34.7106) 舍去
4、-0.17958(std先正后负，386.723开始转为负。最后为-25.4915) 舍去
5、-0.18859(std先正后负，138.034开始转为负。最后为-26.7718)舍去
6、-0.22724(std先正后负，460.708开始转为负。最后为-32.2557)舍去
7、0.03704(std中间有一点为负，大部分为正，最后为5.25587)
8、0.2163(std全为正，逐渐增大，最后为30.6996)
9、-0.08554(std先正后负，34.024开始转为负，最后为-12.1424)舍去
10、0.08845(std全为正，最后为12.5571)
舍去数据后留下了:
2、0.5655(std全为正，最后为80.2761)
7、0.03704(std中间有一点为负，大部分为正，最后为5.25587)
8、0.2163(std全为正，逐渐增大，最后为30.6996)
10、0.08845(std全为正，最后为12.5571)
但是2、8偏离较大，是不是就只剩下：
7、0.03704(std中间有一点为负，大部分为正，最后为5.25587)
10、0.08845(std全为正，最后为12.5571)
这两组有效数据呢？
但是这样是不是就太少了数据，还要继续做模拟呢

我又重新试了下，把步长改为0.2fs，每步输出速度可以收敛。会有小部分case的caf文件std.dev列显著大于其他case或者是负值，把这些舍掉。
这样做会导致一个case占据约2T硬盘空间，只能算完就删。

这种情况可能不适合用电流自相关算电导率了，因为数值误差过大，可能还是只能用NE方程计算。

jlyjlysjd 发表于 2024-7-11 14:15
老师，我在算新的一个浓度的时候发现积分结果为负值，这说明结果是错误的吗

你可以检查一下之前的结果，不同case之间算出的电导率差多少，然后画出errorbar（根据误差分析的知识），然后和文献里的errorbar比较一下。
如果波动极大，那么说明case还是少了，要么加case，要么加大模拟体系。要是还降不下来，那这个思路就走不下去了，得再换方法。

二分音符 发表于 2024-7-9 10:46
注意单位，全部换成SI制。
你的ACF看起来还可以，再画一个积分值随时间变化的曲线（t时刻的函数值为ACF从0 ...

老师，我在算新的一个浓度的时候发现积分结果为负值，这说明结果是错误的吗

注意单位，全部换成SI制。
你的ACF看起来还可以，再画一个积分值随时间变化的曲线（t时刻的函数值为ACF从0积分到t的面积）。
mdp看着没问题