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结构优化二维碳掺杂硒模型时,发生形变正常吗

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发布时间: 2024-6-12 14:42

正文摘要:

各位老师好,学生在做碳掺杂Se模型结构优化时,Se总是跑到碳网上面,想了解一下这正常吗,如果正常该如何解释;周边的碳和氢在初步结构优化后进行固定,计算级别为wb97xd/6-31g(d,p) ,最终结构收敛且无虚频;收敛结 ...

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ZPLLL 发表于 Post on 2024-6-13 00:01:11
wzkchem5 发表于 2024-6-12 16:38
做掺杂石墨烯,一定要避免的一个误区就是以为抠掉一个碳、再把你掺杂的原子放进去就完事了。很多元素掺杂石 ...

谢谢老师的详细解答,增加了学生的知识储备,也知道了目前模型构建理由不充分,后续再去寻找实验上的数据之后在进行建模计算,感谢老师。
wzkchem5 发表于 Post on 2024-6-12 16:38:18
做掺杂石墨烯,一定要避免的一个误区就是以为抠掉一个碳、再把你掺杂的原子放进去就完事了。很多元素掺杂石墨烯的时候根本不是这么掺杂的,可能石墨烯一个碳原子都没少,这个元素只能作为adatom附着在表面;或者石墨烯需要抠掉两个原子;或者元素掺杂后需要在附近某个位置补个氢;或者这个元素总是两个原子一起掺杂的,没办法在一个地方只掺杂一个原子;等等。
最简单的例子就是氧化石墨烯,你肯定没见过氧全部在石墨烯平面内的氧化石墨烯,对吧?实际上总是有大量环氧、羟基乃至羧基等基团,突出石墨烯的表面。Se和氧同族,除非你现在构建的结构有实验证据,否则没有任何理由相信抠掉一个碳、把Se填进去就完事了
ZPLLL 发表于 Post on 2024-6-12 16:33:32
sobereva 发表于 2024-6-12 15:47
孔洞那么小,Se的半径那么大,显然跑到上面很正常

一定要注意半径的差异,比如下文2.3节的例子,Ne能嵌 ...

感谢社长答疑,我去拜读一下文章,再次感谢。
sobereva 发表于 Post on 2024-6-12 15:47:21
孔洞那么小,Se的半径那么大,显然跑到上面很正常

一定要注意半径的差异,比如下文2.3节的例子,Ne能嵌入到C18的中央,而半径更大的Ar就在上面呆着了
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html

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