iamjjLin 发表于 2024-6-14 15:09
谢谢sob老师的回答！
我这个体系是一个衬底的优化，后期涉及重金属分子的沉积，所以没有采用经典力场来 ...

光是优化一个衬底，用不着那么多原子数，通常一千原子以内的模型足够了

而且考察相互作用通常做做结构优化、算算结合能、做做波函数分析就能说明很大问题了，对大体系没必要非得硬着头皮跑动力学。

sobereva 发表于 2024-6-14 01:53
就算做到了“1天40-50步左右”，也根本啥都干不了。
就算用半经验级别，一般计算条件下（除非有上千核）， ...

谢谢sob老师的回答！
我这个体系是一个衬底的优化，后期涉及重金属分子的沉积，所以没有采用经典力场来进行计算。
我想探究的是客体分子沉积后与衬底分子的相互作用。
我现在的打算是先将衬底体系优化并将其跑到600K时的平衡位置得到它的速度，后期再扩大衬底晶胞，进行客体分子的沉积。另一个方案是优化完衬底后，将衬底分子冻结，直接进行沉积。
我动力学接触的不是很多，如果方案有问题，希望sob老师能帮忙指出，谢谢！

就算做到了“1天40-50步左右”，也根本啥都干不了。
就算用半经验级别，一般计算条件下（除非有上千核），一般的MD撑死了也就跑两千原子。
别好高骛远。该用经典力场用经典力场

3 不使用热浴怎么控温，当然得用热浴

4 动能、势能、保守量