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CI-NEB计算时,初末态固定后初末态能量不断变化

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发布时间: 2024-6-13 15:18

正文摘要:

各位老师好,我在使用CI-NEB做过渡态搜索时,&OPTIMIZE_BAND下的OPTIMIZE_END_POINTS 设为F,不优化初末态,在实际计算过程中,初末态计算的能量一直在变化,且有时候有较大的变动,请问这个是什么原因呢?我看sob ...

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kirSTY 发表于 Post on 2024-9-3 20:36:29
NPROC_REP好像是根据启用的核心数除以NPROC_REP算出来的,设置的数字不一定有用。具体需要看下目录有多少个band文件,或是检查输出文件的如果不是同步算的,可能会用别的band的初猜算初末点造成能量变化?
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**  ########     ###    ##    ## ########    Nudged Elastic Band Method      **
**  ##     ##   ## ##   ###   ## ##     ##   String Method                   **
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**  ########  ##     ## ## ## ## ##     ##   Number of Images :            8 **
**  ##     ## ######### ##  #### ##     ##   Number of Replicas:           8 **
**  ##     ## ##     ## ##   ### ##     ##   Number of Procs/Rep:          1 **
**  ########  ##     ## ##    ## ########                                    **
**                                           T. Laino  2009 - 2015           **
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sobereva 发表于 Post on 2024-6-16 05:20:33
大耳朵涂涂 发表于 2024-6-15 15:43
哦哦好。我正常计算的时候都设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P,结果也都正常,
那如果不是这个的原因的 ...

用MEDIUM的PRINT_LEVEL,对比每次优化端点输出的信息看是否有什么端倪

6个点属于非常少的情况,往往都10个点左右甚至更多,末端两个点是否考虑不至于令计算成本相差很大
大耳朵涂涂 发表于 Post on 2024-6-15 15:43:14
sobereva 发表于 2024-6-14 17:33
跟这个没必然关系

哦哦好。我正常计算的时候都设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P,结果也都正常,
那如果不是这个的原因的话,那初末态能量变动可能就是软件自身的问题了吧。CP2K计算NEB的时候有一点我很好奇,最后计算各个IMAGE的时候为什么要带上初末态一起计算,如果固定初末态的话,这部分算力完全浪费,VASP就只计算插入到中间的点,感觉这样会很省算力。
大耳朵涂涂 发表于 Post on 2024-6-15 15:34:51
sobereva 发表于 2024-6-14 17:30
CP2K里用二维周期性原理上比用偶极校正更为理想,这是CP2K比起其它大多数第一性原理程序的一个优势之一, ...

用的是超算的资源,超算用的国产的CPU,单核效率不咋样,就是核心多,多节点并行起来速度也还看得看得过去。计算的时候我看几个image更新计算结果都是实时的,所以应该是几个一起跑的。
sobereva 发表于 Post on 2024-6-14 17:33:03
大耳朵涂涂 发表于 2024-6-14 12:05
计算的时候,波函数外推我设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P,使用上一步的波函数作为初猜,不是默认的AP ...

跟这个没必然关系
sobereva 发表于 Post on 2024-6-14 17:30:54
大耳朵涂涂 发表于 2024-6-14 11:04
谢谢sob老师。
1)我检查了轨迹文件,初末态的坐标始终没有发生变化,只有能量在变。
2)计算的时候是 ...

CP2K里用二维周期性原理上比用偶极校正更为理想,这是CP2K比起其它大多数第一性原理程序的一个优势之一,能利用最好利用。鉴于之前已经用偶极校正了,就先凑合用下去

你用的NPROC_REP 48,6个image一起跑,你的机子有>=288个物理核心?
大耳朵涂涂 发表于 Post on 2024-6-14 12:05:21
sobereva 发表于 2024-6-14 02:14
检查一下轨迹文件,首先确保首末两个点的几何结构确实始终没变

确保当前6个NEB点是同时跑的,即NUMBER_O ...

计算的时候,波函数外推我设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P,使用上一步的波函数作为初猜,不是默认的APSC。我在结构优化时发现这个可以很有效加快计算速度,这个设置会影响结果吗?
大耳朵涂涂 发表于 Post on 2024-6-14 11:04:57
sobereva 发表于 2024-6-14 02:14
检查一下轨迹文件,首先确保首末两个点的几何结构确实始终没变

确保当前6个NEB点是同时跑的,即NUMBER_O ...

谢谢sob老师。
1)我检查了轨迹文件,初末态的坐标始终没有发生变化,只有能量在变。
2)计算的时候是六个IMAGE一起跑的。不仅是这个任务的初末态能量在变,其他任务的初末态也是在变,能量在不断减小,只不过这个变化比较明显。
3)当时建模的时候参考了同体系计算的文献,基本都是使用的三维加偶极矫正。想请教一下老师,我这个薄层体系计算非均相催化,使用二维周期+MT计算优势在哪里呢,没有实际计算过二维+MT。如果要换成二维+MT的话,整体的模型基础设置等等是不是需要全都换掉。目前使用这个三维周期已经做了一部分工作了,担心换模型的话,工作量比较大。
sobereva 发表于 Post on 2024-6-14 02:14:31
检查一下轨迹文件,首先确保首末两个点的几何结构确实始终没变

确保当前6个NEB点是同时跑的,即NUMBER_OF_REPLICA和NPROC_REP的乘积不超过并行核数,否则可能造成算一个NEB image的时候用的是另外的image收敛的波函数当初猜,结果收敛到了不是能量最低的解

另外,当前体系用MT结合二维周期性比起用三维周期性结合偶极校正更适合

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