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NPROC_REP好像是根据启用的核心数除以NPROC_REP算出来的,设置的数字不一定有用。具体需要看下目录有多少个band文件,或是检查输出文件的如果不是同步算的,可能会用别的band的初猜算初末点造成能量变化? ******************************************************************************* ******************************************************************************* ** ** ** ######## ### ## ## ######## Nudged Elastic Band Method ** ** ## ## ## ## ### ## ## ## String Method ** ** ## ## ## ## #### ## ## ## ** ** ######## ## ## ## ## ## ## ## Number of Images : 8 ** ** ## ## ######### ## #### ## ## Number of Replicas: 8 ** ** ## ## ## ## ## ### ## ## Number of Procs/Rep: 1 ** ** ######## ## ## ## ## ######## ** ** T. Laino 2009 - 2015 ** ******************************************************************************* ******************************************************************************* |
大耳朵涂涂 发表于 2024-6-15 15:43 用MEDIUM的PRINT_LEVEL,对比每次优化端点输出的信息看是否有什么端倪 6个点属于非常少的情况,往往都10个点左右甚至更多,末端两个点是否考虑不至于令计算成本相差很大 |
sobereva 发表于 2024-6-14 17:33 哦哦好。我正常计算的时候都设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P,结果也都正常, 那如果不是这个的原因的话,那初末态能量变动可能就是软件自身的问题了吧。CP2K计算NEB的时候有一点我很好奇,最后计算各个IMAGE的时候为什么要带上初末态一起计算,如果固定初末态的话,这部分算力完全浪费,VASP就只计算插入到中间的点,感觉这样会很省算力。 |
sobereva 发表于 2024-6-14 17:30 用的是超算的资源,超算用的国产的CPU,单核效率不咋样,就是核心多,多节点并行起来速度也还看得看得过去。计算的时候我看几个image更新计算结果都是实时的,所以应该是几个一起跑的。 |
大耳朵涂涂 发表于 2024-6-14 12:05 跟这个没必然关系 |
大耳朵涂涂 发表于 2024-6-14 11:04 CP2K里用二维周期性原理上比用偶极校正更为理想,这是CP2K比起其它大多数第一性原理程序的一个优势之一,能利用最好利用。鉴于之前已经用偶极校正了,就先凑合用下去 你用的NPROC_REP 48,6个image一起跑,你的机子有>=288个物理核心? |
sobereva 发表于 2024-6-14 02:14 计算的时候,波函数外推我设置的是EXTRAPOLATION USE_PREV_P,使用上一步的波函数作为初猜,不是默认的APSC。我在结构优化时发现这个可以很有效加快计算速度,这个设置会影响结果吗? |
sobereva 发表于 2024-6-14 02:14 谢谢sob老师。 1)我检查了轨迹文件,初末态的坐标始终没有发生变化,只有能量在变。 2)计算的时候是六个IMAGE一起跑的。不仅是这个任务的初末态能量在变,其他任务的初末态也是在变,能量在不断减小,只不过这个变化比较明显。 3)当时建模的时候参考了同体系计算的文献,基本都是使用的三维加偶极矫正。想请教一下老师,我这个薄层体系计算非均相催化,使用二维周期+MT计算优势在哪里呢,没有实际计算过二维+MT。如果要换成二维+MT的话,整体的模型基础设置等等是不是需要全都换掉。目前使用这个三维周期已经做了一部分工作了,担心换模型的话,工作量比较大。 |
检查一下轨迹文件,首先确保首末两个点的几何结构确实始终没变 确保当前6个NEB点是同时跑的,即NUMBER_OF_REPLICA和NPROC_REP的乘积不超过并行核数,否则可能造成算一个NEB image的时候用的是另外的image收敛的波函数当初猜,结果收敛到了不是能量最低的解 另外,当前体系用MT结合二维周期性比起用三维周期性结合偶极校正更适合 |
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