Dempey 发表于 2024-6-14 08:59
1. GROMACS的pull我一般设置是

geometry用direction可以指定拉动方向的矢量，很好用

兄弟，我的设置一开始是：
pull-coord1-type=constant-force
pull-coord1-geometry=direction
pull-coord1-vec= 0 0 1
pull_coord1_dim = N N Y
后面把力的类型改了：
pull-coord1-type=umbrella
pull-coord1-geometry=direction
pull-coord1-vec= 0 0 1
pull_coord1_dim = N N Y
但为啥小分子移动的方向变了，前面设置的是可以解离出去的，换伞形后配体往蛋白中心走了
请问兄台你遇到过这种情况吗

兄弟，你的问题和我的有点相似，请问你有解决方案了吗。我的是pull_coord1_type  = constant-force可以把小分子拉出来，而且很快，但改成Umbrella不行了或者是往蛋白的另一端靠，其它参数都没变

FrancisCho 发表于 2024-6-14 14:45
您好，我能请教一下有使用Colvars或PLUMED结合GMX或LAMMPS计算PMF的教程实例吗？最好是有给出相应代码的 ...

PLUMED官网就有：https://www.plumed.org/doc-v2.8/user-doc/html/_m_e_t_a_d.html
COLVARS公社就有：http://bbs.keinsci.com/thread-10805-1-1.html

Dempey 发表于 2024-6-14 08:59
1. GROMACS的pull我一般设置是

geometry用direction可以指定拉动方向的矢量，很好用

您好，我能请教一下有使用Colvars或PLUMED结合GMX或LAMMPS计算PMF的教程实例吗？最好是有给出相应代码的，谢谢。

FrancisCho 发表于 2024-6-14 09:46
我想请教一下如果我先安装Gromacs，后安装plumed，Gromacs是不是无法被后安装的plumed patched？

plumed的Documentation中会提及适用的gromacs，如plumed 2.9适用的gromacs可以看 https://www.plumed.org/doc-v2.9/user-doc/html/index.html#codes 。正常的流程是先编译plumed，再对gromacs代码进行patch，最后编译patch过的gromacs，可以看 https://www.plumed.org/doc-v2.9/user-doc/html/_installation.html 。

FrancisCho 发表于 2024-6-14 09:46
我想请教一下如果我先安装Gromacs，后安装plumed，Gromacs是不是无法被后安装的plumed patched？

得使用打了plumed补丁的gmx，这样才能在gmx模拟的过程中调用plumed。否则，plumed只能用于gmx模拟完成后的后处理操作。

lucky1999 发表于 2024-6-14 09:37
对于前一个问题我可以试着跟你解答一下，对于后一个问题，由于我较少使用LAMMPS和Colvars，所以无法给你 ...

我想请教一下如果我先安装Gromacs，后安装plumed，Gromacs是不是无法被后安装的plumed patched？

FrancisCho 发表于 2024-6-14 09:17
非常感谢，我之前在PLUMED上看了不少有关gmx结合PLUMED算PMF的教程，但是GMX安装PLUMED需要在GMX安装之前 ...

对于前一个问题我可以试着跟你解答一下，对于后一个问题，由于我较少使用LAMMPS和Colvars，所以无法给你解答。这里应该用不到plumed中的driver -ixtc命令吧。drive -ixtc命令是你已经通过gmx得到了xtc文件，而后续使用plumed对得到的xtc文件进行相关处理。显然，你这里需要在gmx模拟的过程中就调用plumed进行SMD。对于此，你需要写一个plumed的输入文件(文件里需要写啥可以看我上面给你发的那个网站)，然后在使用gmx mdrun命令时采用-plumed参数指定plumed输入文件。这样，你就可以在gmx模拟的过程中同时调用plumed进行SMD了。

lucky1999 发表于 2024-6-14 08:38
若需要通过gmx实现SMD，个人建议利用plumed与gmx联动完成SMD，这样的例子可以在plumed的官网上可以找到(htt ...

非常感谢，我之前在PLUMED上看了不少有关gmx结合PLUMED算PMF的教程，但是GMX安装PLUMED需要在GMX安装之前先编译PLUMED，后来使用plumed driver去读取gmx轨迹文件，但是运行-ixtc报错。我现在在尝试用LAMMPS+Colvars计算PMF，但是我发现在运行Colvars前使用
fix         1         pore setforce        0.0 0.0 0.0
来固定碳纳米管，但是在Colvars运行过程中整个碳纳米管变形，并且移动，想向您请教一下

1. GROMACS的pull我一般设置是

1. pull-coord1-type=umbrella
   
2. pull-coord1-geometry=direction
   
3. pull-coord1-vec= 0 0 1

复制代码

geometry用direction可以指定拉动方向的矢量，很好用
2. 要想拉动距离超过盒子最小长的一半，geometry设置为direction-periodic，但是不能控压
3. 拉动产生多个采样窗口时可以调小拉动速度(pull-coord1-rate)，增大拉力(pull-coord1-k)，这样产生的构型比较均匀
4. 你的采样很不充分，可以减小采样窗口的距离或者减小采样时的拉力(pull-coord1-k)，前者让histo.xvg中的曲线更密，后者让曲线更胖
用GROMACS自己做伞形采样要不断尝试，优化出一个比较好的参数，同时也很消耗资源，也建议你使用PLUMED或COLVARS做自由能计算，很省事

若需要通过gmx实现SMD，个人建议利用plumed与gmx联动完成SMD，这样的例子可以在plumed的官网上可以找到(https://www.plumed.org/doc-v2.8/user-doc/html/belfast-5.html)。gmx对粒子进行牵引有某些限制(例如，牵引距离需要小于盒子牵引方向所在轴长度的二分之一)，个人感觉不是很好用，而若使用plumed则无这样的限制。