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(OPT+SP)木质素磺酸钠的计算级别合适么？

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社会主义小战士

发布时间: 2024-6-17 22:54

正文摘要:

大佬们好，我想优化一下木质素磺酸钠，然后基于优化结构做一下高精度的SP计算，得到RESP电荷，用于后续的GROMACS模拟。以下是我两次计算的参数，请大家帮我看看是否合理？ (1)结构优化： %NProcShared=64 %ME ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-6-19 05:03:06

社会主义小战士发表于 2024-6-18 15:45
谢谢社长！！！
如果去掉钠离子的话，计算级别和关键词需要修改么？

原则上磺酸根的氧最好带上弥散函数

社会主义小战士 发表于 Post on 2024-6-18 15:45:27

sobereva 发表于 2024-6-18 00:30
计算级别和关键词没问题（但SP关键词是多余的）
对于动力学模拟的目的，Na离子和木质素磺酸根是作为两类不 ...

谢谢社长！！！
如果去掉钠离子的话，计算级别和关键词需要修改么？

sobereva 发表于 Post on 2024-6-18 00:30:16

计算级别和关键词没问题（但SP关键词是多余的）
对于动力学模拟的目的，Na离子和木质素磺酸根是作为两类不同的[moleculetype]处理的，因此只应当对木质素磺酸根做这种计算、用sobtop产生拓扑文件，而Na+的原子电荷显然为1、应当直接用力场目录下的ions.itp来描述。注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4

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