sob老师，我是想研究2种蛋白质以及当同时存在这两种蛋白质（比例不同）的时候，钙离子与其的结合情况。因为目前不清楚这种影响是否和蛋白质之间的作用有关，所以这后续也想做相关的分析（因为在实验上，两种蛋白混合之后是会出先沉淀，溶液会变浑浊）。想问一下老师有什么建议吗？

Willow0114 发表于 2024-6-18 15:50
sob老师，您好。我的实验中是两种蛋白按照不同比例混合，比例分别是0.6、1、1.4和1.8。我想要在模拟中体 ...

先明确实际想研究什么、研究的问题和蛋白质之间相互作用有什么直接关系
不能盲目按实验比例去添加蛋白质，否则蛋白质一多了，盒子巨大，原子数巨多，根本算不动。或者虽然能算，但能只能算得动很短暂的时间尺度，感兴趣的问题也没法研究。
做计算必须有“模型化”思想，根据实际研究的对象，构造出尽可能容易算、能反映出问题关键的计算模型

先搞清楚蛋白质之间有什么相互作用。如果相互作用都可以忽略，或者相互作用不直接影响你要研究的问题，用一个蛋白质就够了，完全不需要刻意和实验浓度对应。