石墨烯结构用VMD就能产生
MOF直接用晶体结构，结合gview或者Multiwfn恰当扩胞到合适的大小
水用packmol在指定区域加。或者gmx solvate在体系真空区加水后，如果发现有的出现在了不该出现的位置，再用VMD的选择语句在保存新结构时去掉

mdp几句话说不清楚，通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）完整系统学一遍后自然知道该怎么设，以上建模问题在培训里也都体现了。