感谢sob老师的建议，我下次发帖注意，
有个问题，我用-pbc cluster 选择的是非水部分就是我不想被截断的索引组，因为我模拟的体系是水+多条纤维素链，不想其中的纤维素链穿越盒子引起计算纤维素链rmsd时较大的波动，在第二步选择cluster出现好多纤维素链在盒子外面的情况，我第三步进行居中出现了169帧和170帧有一条链穿越盒子的问题，既然我已经-pbc cluster了，为什么居中还会出现穿越盒子的行为？

那叫命令，不叫代码，又不是写源代码

搞清楚-pbc cluster是什么意思，哪能整个体系当做一个cluster，此时和-nojump效果几乎一样

把你不想被盒子截断的部分一起定义为一个索引组，用-pbc cluster时选上这个组

不要自己在标体系里手写[GROMACS]，给你去了，以后注意！