为了判断蛋白与离子的结合情况，RMSD应该如何选择

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发布时间: 2024-6-23 20:17

我模拟体系中有蛋白质，钙离子和磷酸根离子。模拟过程中钙会和磷酸根结合，同时还会和蛋白质结合，我想用RMSD分析钙磷结合后与蛋白质的结合情况，我应该如何选择least squares fit和RMSD calculation呢？另外least s ...

回复 Reply

低调的板凳 发表于 Post on 2024-6-24 11:11:58

体系总共10个钙，建议直接观察轨迹一个个分析，同时分析10个钙的数据的话估计得不到啥有效信息

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-6-24 11:06:27

Willow0114 发表于 2024-6-24 08:47
那老师，我应该如何判断钙磷与蛋白质的结合已经达到一个稳定的状态呢

可以考虑用pairdist计算钙磷与结合位点对应的氨基酸的距离，如果结构稳定后相当长的一段时间内钙磷和结合位点残基保持较小的距离，且这个距离基本不会有什么大的变化，就可以认为钙磷被稳定在对应的结合位点上

Willow0114 发表于 Post on 2024-6-24 08:47:17

那老师，我应该如何判断钙磷与蛋白质的结合已经达到一个稳定的状态呢

sobereva 发表于 Post on 2024-6-24 02:03:18

而且问题跟RMSD没直接关系。RMSD不直接体现结合情况

Protein包括侧链和主链。backbone只有主链中的骨架原子

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