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在linux mint21.3上安装含kokkos以及deepmd的lammps & 4090的reaxff测试

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发布时间: 2024-6-24 17:22

正文摘要:

本帖最后由 小葱拌豆腐 于 2024-6-25 21:29 编辑 在linux mint上安装含kokkos和gpu package以及deepmd built的lammps & 4090的reaxff加速测试 参考链接:WSL2下Kokkos版加速的Lammps的cmake编译 - 分子模拟 (M ...

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docshen777 发表于 Post on 2024-7-5 16:17:48
小葱拌豆腐 发表于 2024-7-5 11:59
run的指令有问题没,开始计算后nvidia-smi能看到lmp进程吗

lmp -in test_1.in -k on g 1 -sf kk -pk kokkos neigh half newton on

能看见一个lmp进程,类型是C。占用只有1-3%的样子,偶尔会跳一下30多
小葱拌豆腐 发表于 Post on 2024-7-5 11:59:12
docshen777 发表于 2024-6-29 17:20
WSL2 UBUNTU20.04
LAMMPS是 2Aug2023
GCC9.4 CUDA12.5

run的指令有问题没,开始计算后nvidia-smi能看到lmp进程吗
docshen777 发表于 Post on 2024-6-29 17:20:57
小葱拌豆腐 发表于 2024-6-28 15:03
详细说下环境和运行的指令还有计算的case等等,要不然这问题没法回答呀

WSL2 UBUNTU20.04
LAMMPS是 2Aug2023
GCC9.4 CUDA12.5
OPENMPI4.1.5,有cuda-support

体系是一万原子硅钙REAXFF(也测试了其他测试文件,都非常慢,不如CPU。而且远远达不到帖子里给的benchmark)。

折腾了2天,重新编译了无数次,还是不能回复正常速度,请问您还能想到别的问题吗?
小葱拌豆腐 发表于 Post on 2024-6-28 15:03:32
docshen777 发表于 2024-6-27 14:45
请问,我编译了kokkos包的lammps后,4090的性能还没CPU高是怎么回事?

详细说下环境和运行的指令还有计算的case等等,要不然这问题没法回答呀
docshen777 发表于 Post on 2024-6-27 14:45:20
请问,我编译了kokkos包的lammps后,4090的性能还没CPU高是怎么回事?
小葱拌豆腐 发表于 Post on 2024-6-25 21:35:56
本帖最后由 小葱拌豆腐 于 2024-6-25 23:50 编辑

另外,用熵大你的脚本中的命令跑REAXFF(lmp -k on g 1 -sf kk -pk kokkos cuda/aware on neigh full comm device binsize 2.8 -var x 8 -var y 4 -var z 8 -in in.* > run.log 2>&1),请问后续的命令是什么意思呢?
小葱拌豆腐 发表于 Post on 2024-6-25 21:28:50
本帖最后由 小葱拌豆腐 于 2024-6-25 21:31 编辑
Entropy.S.I 发表于 2024-6-25 18:21
多GPU机器必须使用Slurm调度,否则没法用,很容易跑出正常情况不到十分之一的性能

每个任务只调用一张卡的情况下也会这样吗,我发现在不用
  1. export CUDA_VISIBLE_DEVICES=
复制代码
指定的使用哪个GPU计算的时候提交的任务都挤到了一张卡上。
熵大我用你的脚本测试了一下机器跑lammps的速度,9654在有的lammps项目上表现优于13900K,而且原来不能跑的REAXFF也能算了,不知道和更新有没有关系,我用的23的lammps,cuda是12.2,速度测试我更新到上面了,同时参考了你之前做的工作进行了比较
Entropy.S.I 发表于 Post on 2024-6-25 18:21:47
多GPU机器必须使用Slurm调度,否则没法用,很容易跑出正常情况不到十分之一的性能
小葱拌豆腐 发表于 Post on 2024-6-24 17:24:55
第一次发帖,似乎md格式直接粘进来排版有点稀碎

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