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使用Molclus结合xtb做构象搜索过程中ORCA不能被调用

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发布时间: 2024-6-25 08:58

正文摘要:

本帖最后由 751960653 于 2024-6-25 08:57 编辑 参照博文“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”(http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html)进行练习。进行到“第四步:用 ...

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751960653 发表于 Post on 2024-6-25 11:26:41
snljty2 发表于 2024-6-25 10:56
不行,alias无法传给子Shell,而molclus是在子shell中运行的,其调用的orca又是在其子shell中。

在settings.ini里面加上orca的完整路径成功调用orca。
将settings.ini里ibkout= -1,Molclus判断文件夹下有gau00001.out直接就调用orca开始Configuration 1的单点能计算,很灵活。
谢谢您。
snljty2 发表于 Post on 2024-6-25 10:56:34
751960653 发表于 2024-6-25 10:28
您好,谢谢您的解答,我再在settings.ini里面加上orca的完整路径试试。
我在安装orca时已在.bashrc里加 ...

不行,alias无法传给子Shell,而molclus是在子shell中运行的,其调用的orca又是在其子shell中。
751960653 发表于 Post on 2024-6-25 10:28:25
snljty2 发表于 2024-6-25 10:12
molclus的settings.ini里面的orca_path参数设置不对,应该设置成orca程序完整绝对路径,否则无法并行运行。 ...

您好,谢谢您的解答,我再在settings.ini里面加上orca的完整路径试试。
我在安装orca时已在.bashrc里加上alias orca='/home/username/orca504/orca',并且在终端中输入’orca‘也是可以正确打开orca软件进行计算的,在这样的情况下,Molclus里的settings.ini设置也不能只用‘orca'代替完整路径吗?
snljty2 发表于 Post on 2024-6-25 10:12:48
molclus的settings.ini里面的orca_path参数设置不对,应该设置成orca程序完整绝对路径,否则无法并行运行。而且你只设成orca的话,由于PATH里面变量的先后顺序设置的不对,看起来是调用了系统自带的一个叫orca的Gnome阅读器,而不是量子化学程序orca。

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