sobereva 发表于 2024-9-15 00:43
对当前体系基于Hessian计算成键相关参数不仅没必要，而且根本就不推荐。用谐振势完全没法描述羟基二面角 ...

明白了，感谢sob老师的耐心细致的解答。同时也希望sob老师注意身体，早点休息

AxiEJohn 发表于 2024-9-14 11:07
感谢sob老师的指正。鉴于两个月前能成功模拟，和刚才进行的尝试，我认为并不是成键描述的问题，而是力常 ...

对当前体系基于Hessian计算成键相关参数不仅没必要，而且根本就不推荐。用谐振势完全没法描述羟基二面角的可旋转性，引入了人为虚假因素
http://sobereva.com/soft/Sobtop的FAQ11里都已经非常强调了什么时候才应该基于Hessian算参数

sobereva 发表于 2024-9-14 01:08
不同程序有不同的判断连接关系的规则
也有的格式记录了成键关系
我不喜欢且拒绝使用pymol。mol2文件直 ...

感谢sob老师的指正。鉴于两个月前能成功模拟，和刚才进行的尝试，我认为并不是成键描述的问题，而是力常数的问题。同样简单的小分子，在两个月前只是调整氢原子朝向远离氧原子的方向就不会出错了，故而我认为是氢原子和氧原子距离问题。这次氢原子几何优化后会朝向的两边都会有氧原子。您说的没必要使用mSeminario方法我赞同，可如果使用也不应该出现如此大的问题。就好比小面积的松土用锄头就行，而我用了挖掘机，结果应该是还是能松土，而不是松土失败。最后，还是感谢sob老师能回答本问题。

AxiEJohn 发表于 2024-9-14 00:00
感谢Sob老师不厌其烦地在基础领域解答，请问您如何解决这个问题？您说的有道理，会形成氢键，可是也不应 ...

不同程序有不同的判断连接关系的规则
也有的格式记录了成键关系
我不喜欢且拒绝使用pymol。mol2文件直接在GaussView里看，把成键关系弄正确，保存成mol2给sobtop就完了。当前体系直接让sobtop指认基于GAFF的力场参数就完了，根本没必要用mSeminario

sobereva 发表于 2024-9-13 18:54
本来就该这样，此时氢可以和相邻的羟基形成内氢键
但实际上你这个体系能量最低的构象是左边两个羟基的氢 ...

感谢Sob老师不厌其烦地在基础领域解答，请问您如何解决这个问题？您说的有道理，会形成氢键，可是也不应该在能量最小化后直接形成化学键（pymol对终止的EM.gro进行可视化可见不合常理的交错成键）。6月份我逃避了，只是单纯地调整了氢原子朝向。最终还是会遇到这个问题。希望Sob老师赐教。借此机会我也表达一下对Sob老师开发的sobtop和Multiwfn的感谢

牧生 发表于 2024-9-13 18:26
继续阅读第2楼的文字

并仔细去理解该贴第5楼中的图片   http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.htm ...

很感谢您能再次解答，但是请原谅我的愚笨，并没有太明白精简的文字的内容。您帖中Sob老师说的方法您也尝试过了，我觉得还是氢原子和氧原子相对位置的关系。是否是氢和氧原子过于靠近时，通过DFT计算的力常数会在能量最小化阶段导致成键错误？两种朝向我都试过，可是左右都有氧原子。调整氢原子朝向垂直于两端氧原子连线，即氢原子离两端氧原子都最远方向时，在优化结构后还是会偏向一边的氧原子，总会形成1楼类似的交联成键。但是如果只用sobtop生成prebuild的力常数则不会出现这种问题。希望您能解答，我是医学专业，只是初窥门道，请谅解。

AxiEJohn 发表于 2024-9-13 18:07
你好，请问氢原子两边都是有氧原子怎么办？
被前后夹击了

本来就该这样，此时氢可以和相邻的羟基形成内氢键
但实际上你这个体系能量最低的构象是左边两个羟基的氢都朝上，此时能形成的内氢键数目最多

AxiEJohn 发表于 2024-9-13 18:07
你好，请问氢原子两边都是有氧原子怎么办？
被前后夹击了

继续阅读第2楼的文字

并仔细去理解该贴第5楼中的图片   http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html

牧生 发表于 2024-6-25 15:17
你的那个小分子结构不合理导致，有两个氢原子都不合理。你需要手动把那两个氢原子的朝向改一下，让氢原子既 ...

谢谢你的解答原来是这样的情况

你的那个小分子结构中，有两个氢原子都不合理。你需要手动把那两个氢原子的朝向改一下，让氢原子既不偏左，又不偏右，让它朝向外边。然后优化结构，做振动分析，然后得到hess文件。


类似情况在这里
http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html     第五楼是原因和解决方法