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IRC中过渡态能量最高,但是算出的吉布斯自由能能垒是负的

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发布时间: 2024-6-25 22:22

正文摘要:

本帖最后由 我机智勇敢 于 2024-6-28 13:16 编辑 模拟了羟基自由基攻击氰根CN-的过程,找到了振动方式合理的过渡态并进行了IRC计算,IRC结果也正常,但是最后算吉布斯自由能时发现反应物能量比过渡态能量还要高, ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-6-28 19:32:55
我机智勇敢 发表于 2024-6-28 19:17
这样的话能垒为负会不会有审稿人对此产生质疑,我们应如何解释它呢?

熵效应。没什么可解释的。司空见惯的情况
我机智勇敢 发表于 Post on 2024-6-28 19:17:12
sobereva 发表于 2024-6-28 15:01
这种热力学量应当用常用的kcal/mol或kJ/mol作为单位

当前没什么异常,是电子能垒很小时很容易出现的情 ...

这样的话能垒为负会不会有审稿人对此产生质疑,我们应如何解释它呢?
sobereva 发表于 Post on 2024-6-28 15:01:08
我机智勇敢 发表于 2024-6-28 13:16
老师,我计算的这个体系电子能垒与焓垒都是正的,但是都很小,分别为0.002 a.u.与0.0008 a.u.,而吉布斯 ...

这种热力学量应当用常用的kcal/mol或kJ/mol作为单位

当前没什么异常,是电子能垒很小时很容易出现的情况

settings.ini的prtvib设1才能输出各个振动模式的贡献
我机智勇敢 发表于 Post on 2024-6-28 13:16:05
sobereva 发表于 2024-6-26 03:35
先确认电子能垒是正的。如果是如此,且焓垒为正,从过渡态和反应物的ZPE的差异等方面考虑原因(Shermo可以 ...

老师,我计算的这个体系电子能垒与焓垒都是正的,但是都很小,分别为0.002 a.u.与0.0008 a.u.,而吉布斯自由能垒则是-0.003 a.u.。而二者的ZPE差异则是反应物比过渡态的ZPE高大约0.001 a.u.。振动模式的话不知应如何分别分析,我将二者的Shermo输出界面上传了,希望老师能指点一下
sobereva 发表于 Post on 2024-6-26 03:35:10
先确认电子能垒是正的。如果是如此,且焓垒为正,从过渡态和反应物的ZPE的差异等方面考虑原因(Shermo可以把ZPE分解为不同振动模式的贡献做细致分析)。如果焓垒为负,从熵变对-TS项贡献的角度去考虑原因。

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